La lectura de un archivo binario con el pitón

Question

Encuentro archivo binario lectura particularmente difícil con Python. ¿Puedes darme una mano? Necesito leer este archivo, que en Fortran 90 es fácilmente leído por

int*4 n_particles, n_groups 
real*4 group_id(n_particles) 
read (*) n_particles, n_groups 
read (*) (group_id(j),j=1,n_particles) 

En detalle, el formato de archivo es:

Bytes 1-4 -- The integer 8. 
Bytes 5-8 -- The number of particles, N. 
Bytes 9-12 -- The number of groups. 
Bytes 13-16 -- The integer 8. 
Bytes 17-20 -- The integer 4*N. 
Next many bytes -- The group ID numbers for all the particles. 
Last 4 bytes -- The integer 4*N. 

Como puedo leer esto con Python? Intenté todo, pero nunca funcionó. ¿Hay alguna posibilidad de que use un programa f90 en python, leyendo este archivo binario y luego guardando los datos que necesito usar?

Answer 1

Leer el contenido del archivo binario de la siguiente manera:

with open(fileName, mode='rb') as file: # b is important -> binary 
    fileContent = file.read() 

luego "desempaquetar" datos binarios usando struct.unpack:

Los bytes de inicio: struct.unpack("iiiii", fileContent[:20])

El cuerpo: ignorar los bytes de encabezamiento y la octeto final (= 24); La parte restante forma el cuerpo, para saber el número de bytes en el cuerpo haga una división entera por 4; El cociente obtenido se multiplica por la cadena 'i' para crear el formato correcto para el método de desempaquetado:

struct.unpack("i" * ((len(fileContent) -24) // 4), fileContent[20:-4]) 

El byte final: struct.unpack("i", fileContent[-4:])

Answer 2

En general, yo recomendaría que se mira en el uso del módulo de Python struct para esto. Es estándar con Python, y debe ser fácil de traducir las especificaciones de la pregunta en una cadena de formato adecuado para struct.unpack().

Tenga en cuenta que si hay relleno "invisible" entre los campos, tendrá que averiguarlo e incluirlo en la llamada unpack(), o leerá los bits incorrectos.

La lectura de los contenidos del archivo con el fin de tener algo para descomprimir es bastante trivial:

import struct 

data = open("from_fortran.bin", "rb").read() 

(eight, N) = struct.unpack("@II", data) 

Este desempaqueta los dos primeros campos, en el supuesto de que empiecen desde el principio del archivo (sin relleno o ajena datos), y también asumiendo el orden de bytes nativo (el símbolo @). El I s en la cadena de formato significa "entero sin signo, 32 bits".

Answer 3

Usted podría utilizar numpy.fromfile, que puede leer los datos de texto y archivos binarios. Se podría construir un primer tipo de datos, la cual representa el formato de archivo, utilizando numpy.dtype, y luego leer este tipo de archivo usando numpy.fromfile.

Answer 4

import pickle 
f=open("filename.dat","rb") 
try: 
    while True: 
     x=pickle.load(f) 
     print x 
except EOFError: 
    pass 
f.close()