Cladogram, árbol de la vida, cladística, taxonomía en JS o lienzo?

Question

Buenas personas - Necesito ayuda para encontrar una forma de crear un cladograma interactivo o un árbol filogenético (sí, he leído todas las publicaciones relacionadas y no encuentro lo que estoy buscando). La cuestión es que necesito que los nodos sean nombrados. Un ejemplo sería algo como esto

La mayoría de los scripts que encuentro son applets, flash, o simplemente no muestran la clasificación del nodo, es decir, saltaría "feliformia" en este ejemplo. Esto es inútil para mí, ya que terminaría con carnívoro - nodo anónimo - nodo anónimo - nodo anónimo - tigre, y eso no es bueno.

Este árbol, en teoría, cubrirá toda la vida, por lo que podría ser bastante grande, y obtener enlaces y nombres en inglés y latín de la base de datos.

Entonces: sin flash, sin applets. Debe ser horizontal, sin supertrees (circular). He pasado por este http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html pero la mayoría de ellos parece ser viejo, sin mostrar niveles de subnodos, applets o demasiado complejo.

Imagino que este sería un trabajo encantador para canvas/jQuery ..? Y lo más probable es que alguien haya llegado antes que yo?

Cualquier apuntador muy apreciado.

Nota: si alguien por ahí quisiera hacer algo como esto como proyecto, con gusto lo ayudaré, aunque no me beneficiaría para este proyecto. Este tipo de taxonomía no es tan simple como podría serlo. parece, y estaría feliz de ver que esto suceda.

Editar: Ha pasado el año; Sigo pensando que esta es una pregunta muy interesante. He estado fuera del mundo tecnológico por un hechizo; entonces, si alguien ha encontrado algo que parece prometedor para un proyecto a gran escala ... Soy todo oídos.

Answer 1

He estado investigando esta misma pregunta por mí mismo desde hace casi un año. La mejor biblioteca que he encontrado hasta la fecha es d3.js, el sucesor de protovis.js. La buena noticia es que el dendrograma d3.js y el árbol de enlace de nodos deben ser lo suficientemente flexibles para todas sus necesidades; pero la mala noticia es que probablemente deba escribir su propia lógica de taxonomía y lógica de interactividad.

http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html

http://mbostock.github.com/d3/ex/tree.html

Para abordar herbáceo, las bibliotecas d3.js lo hacen, de hecho, utilizan la integración de SVG de HTML5.
Abigail

ps: Encontré un tutorial sobre el uso del dendrograma interactivo y cómo construir la lógica de la taxonomía. http://blog.pixelingene.com/2011/07/building-a-tree-diagram-in-d3-js/

Answer 2

¿Has mirado a Wakanda? Creo que el modelo de fuente de datos puede proporcionar una estructura que es adecuado ... http://www.wakanda.org/

Answer 3

realidad que arme un guión d3 que hace precisamente esto, encontrar aquí: https://github.com/ConstantinoSchillebeeckx/phylogram_d3