Sombreando un gráfico de densidad de kernel entre dos puntos.

Question

Uso con frecuencia diagramas de densidad del kernel para ilustrar las distribuciones. Estos son fácil y rápida de crear en I de este modo:

set.seed(1) 
draws <- rnorm(100)^2 
dens <- density(draws) 
plot(dens) 
#or in one line like this: plot(density(rnorm(100)^2)) 

que me da este pequeño PDF:

me gustaría dar sombra al área bajo la PDF a partir de los 75 hasta percentiles 95. Es fácil de calcular los puntos usando la función quantile:

q75 <- quantile(draws, .75) 
q95 <- quantile(draws, .95) 

Pero, ¿cómo hacer que la sombra de la zona comprendida entre q75 y q95?

Answer 1

Con la función polygon(), consulte su página de ayuda y creo que aquí también tenemos preguntas similares.

Necesita encontrar el índice de los valores de los cuantiles para obtener los pares reales (x,y).

Editar: Aquí van:

x1 <- min(which(dens$x >= q75)) 
x2 <- max(which(dens$x < q95)) 
with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray")) 

salida (añadido por JDL)

Answer 2

Otra solución:

dd <- with(dens,data.frame(x,y)) 
library(ggplot2) 
qplot(x,y,data=dd,geom="line")+ 
    geom_ribbon(data=subset(dd,x>q75 & x<q95),aes(ymax=y),ymin=0, 
       fill="red",colour=NA,alpha=0.5) 

Resultado:

Answer 3

Una solución expandida:

Si quieres sombra ambas colas (copiar & pasta de código de Dirk) y el uso de conocidos los valores x:

set.seed(1) 
draws <- rnorm(100)^2 
dens <- density(draws) 
plot(dens) 

q2  <- 2 
q65 <- 6.5 
qn08 <- -0.8 
qn02 <- -0.2 

x1 <- min(which(dens$x >= q2)) 
x2 <- max(which(dens$x < q65)) 
x3 <- min(which(dens$x >= qn08)) 
x4 <- max(which(dens$x < qn02)) 

with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray")) 
with(dens, polygon(x=c(x[c(x3,x3:x4,x4)]), y= c(0, y[x3:x4], 0), col="gray")) 

Resultado:

Answer 4

Esta pregunta necesita una respuesta lattice. Aquí hay uno muy básico, simplemente adaptando el método empleado por Dirk y otros:

#Set up the data 
set.seed(1) 
draws <- rnorm(100)^2 
dens <- density(draws) 

#Put in a simple data frame 
d <- data.frame(x = dens$x, y = dens$y) 

#Define a custom panel function; 
# Options like color don't need to be hard coded  
shadePanel <- function(x,y,shadeLims){ 
    panel.lines(x,y) 
    m1 <- min(which(x >= shadeLims[1])) 
    m2 <- max(which(x <= shadeLims[2])) 
    tmp <- data.frame(x1 = x[c(m1,m1:m2,m2)], y1 = c(0,y[m1:m2],0)) 
    panel.polygon(tmp$x1,tmp$y1,col = "blue") 
} 

#Plot 
xyplot(y~x,data = d, panel = shadePanel, shadeLims = c(1,3))