Matplotlib trazado de datos no uniformes en la superficie 3D

Question

Tengo un código simple para trazar los puntos en 3D para Matplotlib de la siguiente manera -

from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d 
import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 
from numpy import genfromtxt 
import csv 

fig = plt.figure() 
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 

my_data = genfromtxt('points1.csv', delimiter=',') 
points1X = my_data[:,0] 
points1Y = my_data[:,1] 
points1Z = my_data[:,2] 

## I remove the header of the CSV File. 
points1X = np.delete(points1X, 0) 
points1Y = np.delete(points1Y, 0) 
points1Z = np.delete(points1Z, 0) 

# Convert the array to 1D array 
points1X = np.reshape(points1X,points1X.size) 
points1Y = np.reshape(points1Y,points1Y.size) 
points1Z = np.reshape(points1Z,points1Z.size) 

my_data = genfromtxt('points2.csv', delimiter=',') 
points2X = my_data[:,0] 
points2Y = my_data[:,1] 
points2Z = my_data[:,2] 
## I remove the header of the CSV File. 
points2X = np.delete(points2X, 0) 
points2Y = np.delete(points2Y, 0) 
points2Z = np.delete(points2Z, 0) 

# Convert the array to 1D array 
points2X = np.reshape(points2X,points2X.size) 
points2Y = np.reshape(points2Y,points2Y.size) 
points2Z = np.reshape(points2Z,points2Z.size) 

ax.plot(points1X, points1Y, points1Z, 'd', markersize=8, markerfacecolor='red', label='points1') 
ax.plot(points2X, points2Y, points2Z, 'd', markersize=8, markerfacecolor='blue', label='points2') 

plt.show() 

Mi problema es que he tratado de hacer una gráfica de la superficie decente de estos datos puntos que tengo. Ya traté de usar la función ax.plot_surface() para que se vea bien. Para esto, eliminé algunos puntos y volví a calcular el tipo de entrada de matriz que necesita esta función. Sin embargo, el gráfico que generé fue mucho más difícil de interpretar y comprender. Entonces, podría haber 2 posibilidades: o no estoy usando la función correctamente, o de lo contrario, los datos que intento trazar no son buenos para la gráfica de superficie.

Lo que esperaba era un gráfico en 3D que tuviera un efecto similar al del gráfico circular en 3D. Vemos que una pieza (la que se extrae) es parte de otra pieza. No esperaba que fuera exactamente así, pero sí algún tipo de efecto como ese.

Lo que me gustaría hacer es:

1. ¿Cree que será posible hacer tales gráfico 3D?
2. ¿Hay alguna manera mejor, podría expresar mis datos en 3 dimensiones?

Éstos son los 2 archivos -

points1.csv

Dim1,Dim2,Dim3 
3,8,1 
3,8,2 
3,8,3 
3,8,4 
3,8,5 
3,9,1 
3,9,2 
3,9,3 
3,9,4 
3,9,5 
3,10,1 
3,10,2 
3,10,3 
3,10,4 
3,10,5 
3,11,1 
3,11,2 
3,11,3 
3,11,4 
3,11,5 
3,12,1 
3,12,2 
3,13,1 
3,13,2 
3,14,1 
3,14,2 
3,15,1 
3,15,2 
3,16,1 
3,16,2 
3,17,1 
3,17,2 
3,18,1 
3,18,2 
4,8,1 
4,8,2 
4,8,3 
4,8,4 
4,8,5 
4,9,1 
4,9,2 
4,9,3 
4,9,4 
4,9,5 
4,10,1 
4,10,2 
4,10,3 
4,10,4 
4,10,5 
4,11,1 
4,11,2 
4,11,3 
4,11,4 
4,11,5 
4,12,1 
4,13,1 
4,14,1 
4,15,1 
4,16,1 
4,17,1 
4,18,1 
5,8,1 
5,8,2 
5,8,3 
5,8,4 
5,8,5 
5,9,1 
5,9,2 
5,9,3 
5,9,4 
5,9,5 
5,10,1 
5,10,2 
5,10,3 
5,10,4 
5,10,5 
5,11,1 
5,11,2 
5,11,3 
5,11,4 
5,11,5 
5,12,1 
5,13,1 
5,14,1 
5,15,1 
5,16,1 
5,17,1 
5,18,1 
6,8,1 
6,8,2 
6,8,3 
6,8,4 
6,8,5 
6,9,1 
6,9,2 
6,9,3 
6,9,4 
6,9,5 
6,10,1 
6,11,1 
6,12,1 
6,13,1 
6,14,1 
6,15,1 
6,16,1 
6,17,1 
6,18,1 
7,8,1 
7,8,2 
7,8,3 
7,8,4 
7,8,5 
7,9,1 
7,9,2 
7,9,3 
7,9,4 
7,9,5 

y points2.csv

Dim1,Dim2,Dim3 
3,12,3 
3,12,4 
3,12,5 
3,13,3 
3,13,4 
3,13,5 
3,14,3 
3,14,4 
3,14,5 
3,15,3 
3,15,4 
3,15,5 
3,16,3 
3,16,4 
3,16,5 
3,17,3 
3,17,4 
3,17,5 
3,18,3 
3,18,4 
3,18,5 
4,12,2 
4,12,3 
4,12,4 
4,12,5 
4,13,2 
4,13,3 
4,13,4 
4,13,5 
4,14,2 
4,14,3 
4,14,4 
4,14,5 
4,15,2 
4,15,3 
4,15,4 
4,15,5 
4,16,2 
4,16,3 
4,16,4 
4,16,5 
4,17,2 
4,17,3 
4,17,4 
4,17,5 
4,18,2 
4,18,3 
4,18,4 
4,18,5 
5,12,2 
5,12,3 
5,12,4 
5,12,5 
5,13,2 
5,13,3 
5,13,4 
5,13,5 
5,14,2 
5,14,3 
5,14,4 
5,14,5 
5,15,2 
5,15,3 
5,15,4 
5,15,5 
5,16,2 
5,16,3 
5,16,4 
5,16,5 
5,17,2 
5,17,3 
5,17,4 
5,17,5 
5,18,2 
5,18,3 
5,18,4 
5,18,5 
6,10,2 
6,10,3 
6,10,4 
6,10,5 
6,11,2 
6,11,3 
6,11,4 
6,11,5 
6,12,2 
6,12,3 
6,12,4 
6,12,5 
6,13,2 
6,13,3 
6,13,4 
6,13,5 
6,14,2 
6,14,3 
6,14,4 
6,14,5 
6,15,2 
6,15,3 
6,15,4 
6,15,5 
6,16,2 
6,16,3 
6,16,4 
6,16,5 
6,17,2 
6,17,3 
6,17,4 
6,17,5 
6,18,2 
6,18,3 
6,18,4 
6,18,5 
7,10,1 
7,10,2 
7,10,3 
7,10,4 
7,10,5 
7,11,1 
7,11,2 
7,11,3 
7,11,4 
7,11,5 
7,12,1 
7,12,2 
7,12,3 
7,12,4 
7,12,5 
7,13,1 
7,13,2 
7,13,3 
7,13,4 
7,13,5 
7,14,1 
7,14,2 
7,14,3 
7,14,4 
7,14,5 
7,15,1 
7,15,2 
7,15,3 
7,15,4 
7,15,5 
7,16,1 
7,16,2 
7,16,3 
7,16,4 
7,16,5 
7,17,1 
7,17,2 
7,17,3 
7,17,4 
7,17,5 
7,18,1 
7,18,2 
7,18,3 
7,18,4 
7,18,5 

Answer 1

no veo dónde está el problema, además de que se necesidad de cuadrícula de sus datos. Así es como sus datos de points1.csv se parece a:

import numpy as np 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
import matplotlib.pyplot as plt 
from scipy.interpolate import griddata 

fig = plt.figure(figsize=plt.figaspect(0.5)) 
ax = fig.add_subplot(1, 2, 1, projection='3d') 
# note this: you can skip rows! 
my_data = np.genfromtxt('file1.csv', delimiter=',',skiprows=1) 
X = my_data[:,0] 
Y = my_data[:,1] 
Z = my_data[:,2] 

xi = np.linspace(X.min(),X.max(),100) 
yi = np.linspace(Y.min(),Y.max(),100) 
# VERY IMPORTANT, to tell matplotlib how is your data organized 
zi = griddata((X, Y), Z, (xi[None,:], yi[:,None]), method='cubic') 

CS = plt.contour(xi,yi,zi,15,linewidths=0.5,color='k') 
ax = fig.add_subplot(1, 2, 2, projection='3d') 

xig, yig = np.meshgrid(xi, yi) 

surf = ax.plot_surface(xig, yig, zi, 
     linewidth=0) 

plt.show() 

espero que esto ayude.