Crear un trazado 3D a partir de un conjunto numpy 3D

Question

Ok, así que creo que debería haber una manera fácil de crear un trazado de dispersión tridimensional utilizando matplotlib. Tengo una matriz 3D numpy (dset) con 0 de donde yo no quiero un punto y de 1, donde yo, básicamente para trazar ahora tengo que pasar por tres for: bucles como por ejemplo:

for i in range(30): 
    for x in range(60): 
     for y in range(60): 
      if dset[i, x, y] == 1: 
       ax.scatter(x, y, -i, zdir='z', c= 'red') 

Cualquier sugerencia sobre cómo podría lograr esto de manera más eficiente? Cualquier idea sería muy apreciada.

Answer 1

Si usted tiene un dset así, y desea obtener sólo los 1 valores, se puede usar nonzero, que "devuelve una tupla de matrices, una para cada dimensión de a, que contiene los índices de la no-cero elementos en esa dimensión ".

Por ejemplo, podemos hacer una matriz simple 3d:

>>> import numpy 
>>> numpy.random.seed(29) 
>>> d = numpy.random.randint(0, 2, size=(3,3,3)) 
>>> d 
array([[[1, 1, 0], 
     [1, 0, 0], 
     [0, 1, 1]], 

     [[0, 1, 1], 
     [1, 0, 0], 
     [0, 1, 1]], 

     [[1, 1, 0], 
     [0, 1, 0], 
     [0, 0, 1]]]) 

y encontrar donde se encuentran los elementos no nulos:

>>> d.nonzero() 
(array([0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2]), array([0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2]), array([0, 1, 0, 1, 2, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 2])) 
>>> z,x,y = d.nonzero() 

Si quisiéramos un corte más complicado, que podría haber hecho algo así como (d > 3.4).nonzero() o algo así, ya que True tiene un valor entero de 1 y cuenta como distinto de cero.

Por último, trazamos:

import matplotlib.pyplot as plt 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
fig = plt.figure() 
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 
ax.scatter(x, y, -z, zdir='z', c= 'red') 
plt.savefig("demo.png") 

dando