en el siguiente enlaceMySQL InnoDB: innodb_flush_method
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/innodb-parameters.html#sysvar_innodb_flush_method
que dice: Diferentes valores de esta variable puede tener un marcado efecto sobre el rendimiento de InnoDB. Por ejemplo, en algunos sistemas donde los datos y archivos de registro de InnoDB se encuentran en una SAN, , se ha encontrado que establecer innodb_flush_method en O_DIRECT puede degradar el rendimiento de las instrucciones SELECT simples por un factor de tres.
¿Por qué O_DIRECT podría ralentizar la instrucción select?
La página del manual se ha actualizado recientemente. Está un poco más claro ahora. –