La única respuesta definitiva es probar ambos y probar y ver qué pasa.
En general, MyISAM es más rápido para escribir y leer, pero no ambos al mismo tiempo. Cuando escribe en una tabla MyISAM, toda la tabla se bloquea para que se complete la inserción. InnoDB tiene más sobrecarga pero usa bloqueo a nivel de fila para que las lecturas y escrituras puedan ocurrir simultáneamente sin los problemas en los que incurre el bloqueo de tabla de MyISAM.
Sin embargo, su problema, si lo entiendo correctamente, es un poco diferente. Tener solo una columna, esa columna como clave principal tiene una consideración importante en las diferentes formas en que MyISAM e InnoDB manejan los índices de clave primaria.
En MyISAM, el índice de clave principal es como cualquier otro índice secundario. Internamente, cada fila tiene una identificación de fila y los nodos de índice solo apuntan a los identificadores de fila de las páginas de datos. Un índice de clave principal no se maneja de manera diferente que cualquier otro índice. En InnoDB, sin embargo, las claves principales están agrupadas, lo que significa que permanecen adjuntas a las páginas de datos y aseguran que el contenido podría estar disperso en cualquier orden.)
En este caso, esperaría que InnoDB pudiera tener una ventaja en cuanto a que MyISAM tendría que hacer un doble trabajo: escribir el número entero una vez en las páginas de datos y luego escribirlo de nuevo en las páginas de índice. InnoDB no haría esto, el índice de clave principal sería idéntico a las páginas de datos, y solo tendría que escribir una vez. Solo tendría que administrar los datos en un solo lugar, donde MyISAM tendría que administrar innecesariamente dos copias.
Para cualquier motor de almacenamiento, hacer algo como min() o max() debe ser trivial en una columna indexada, o simplemente verificar la existencia de un número en el índice. Como la tabla es solo una columna, ninguna búsqueda de marcadores sería necesaria, ya que los datos se representarían por completo en el índice mismo. Este debería ser un índice muy eficiente.
Yo tampoco estaría tan preocupado por el tamaño de la mesa. Cuando el ancho de una fila es solo un entero, puede ajustar una gran cantidad de filas por página de índice/datos.
¿Puede proporcionarnos algunos detalles sobre cómo se accederá a los datos? –