Se supone que los nativos son más rápidos, pero si los desarrolladores de navegadores son descuidados (o flojos), escriben código incorrecto, lo que conduce a resultados pobres con animaciones CSS (o transiciones).
Actualmente, jQuery tiene un complemento que sobrepasa la función de "animación" con una "mejorada". ver Velocity. No estoy entrando en otras formas de animar el DOM con javascript porque está fuera del alcance de esta pregunta.
Por lo tanto, tal como está, jQuery es más lento que CSS. además, CSS es más fácil de escribir porque probablemente ya tengas el estilo del elemento, por lo que es fácil agregar algunas reglas, en comparación con una situación en la que necesitas comenzar a escribir JS en algún lugar y administrarlo ... pero para cosas complejas y pesadas, JS es más rápido, tristemente
Un artículo muy bueno acerca de esta cuestión exacta - http://davidwalsh.name/css-js-animation
Depende del navegador. – jrummell
Solo recuerda, el nativo siempre es más rápido. Bueno, por lo general. Las transiciones CSS3 se consideran nativas del navegador. –
http://dev.opera.com/articles/view/css3-vs-jquery-animations/ –