CATransform3DIdentity es una matriz de identidad:
http://en.wikipedia.org/wiki/Identity_matrix
Básicamente, Matrices en matemáticas de animación se utilizan para transformar un objeto (skew, mover, rotar etc).
Una matriz de identidad es aquella que cuando se aplica a un objeto, lo restablece a su geografía inicial.
ex.
[1 0 0]
[0 1 0]
[0 0 1]
No es fácil de explicar (que realmente no entiendo correctamente a mí mismo para ser justos), pero estas matrices 3x3 uso la ubicación de la cuadrícula (m11, m33) para determinar cómo transformar el objeto, en este caso m11 lo está haciendo girar 180 grados, ajústelo a +1 y giraría en la otra dirección. Ajústelo a 0.5 y giraría 90 grados (iirc!).
ex.
[m11, m12, m13]
[m21, m22, m23]
[m31, m32, m33]
Es un poco de miedo, pero los cuadros aquí el tipo de ayuda:
http://en.wikipedia.org/wiki/Matrix_(mathematics)#Linear_transformations
y aquí
http://en.wikipedia.org/wiki/Transformation_matrix
por último, la tabla en la parte inferior de este este li st mostrar cómo se utilizan los diferentes campos de una matriz:
Provided via 'internet wayback machine': http://developer.apple.com/library/mac/#documentation/Cocoa/Conceptual/CoreAnimation_guide/Articles/Layers.html
Por último, recuerdo haber leído esto hace un tiempo, que podría ser de alguna ayuda, ya que creo que mis explicaciones anteriores no son tan práctico - I estoy que le dice qué, por qué no - y créanme, es necesario saber por qué entrar en este tipo de programación correctamente:
http://chortle.ccsu.edu/vectorlessons/vectorIndex.html
mejor de las suertes!
Sí, mucho más: he puesto un enlace en la parte inferior de mi respuesta que podría ayudar. –