No estoy muy seguro de que exista una mejor práctica y realmente depende de cómo quiera usar la información.
Primero, debe reconocer que la membresía y los perfiles son dos cosas separadas. La funcionalidad de membresía, perfil y rol de ASP.NET está diseñada para ser utilizada como un servicio que sirve a múltiples sitios/aplicaciones.
Si observa el esquema de estas relaciones, notará que los usuarios son únicos en el sistema pero que un usuario puede compartirse entre aplicaciones. Eso significa que su información de perfil también se comparte entre las aplicaciones. La membresía es en realidad la asociación de un usuario a una aplicación y contiene información sobre su relación con esa aplicación específica (contraseña, contraseña Q & A, etc.).
Puede utilizar el proveedor de perfiles como Ryan sugirió, pero 1) esa información no se consulta fácilmente si desea recopilar métricas de perfil y 2) se comparte entre todos los consumidores de los servicios de membresía/perfil. Sin embargo, puede ampliarlo para satisfacer sus necesidades.
Puede ampliar el proveedor de membresía como sugirió Gortok y esa información sería relativa a la aplicación, pero debe asegurarse de no romper los consumidores existentes del servicio modificando los procedimientos almacenados existentes o las tablas de manera que cambia su interfaz o intención.
La otra opción es que puede tratarlo como un servicio y realizar un seguimiento de esta información por su cuenta, haciendo referencia a su propia implementación de perfil utilizando la identificación de usuario del proveedor asp.net sql.
Hay una buena serie (16 partes) en Membership, Profiles, and Roles en 4 chicos de Rolla que recomiendo leer y luego, una vez que esté familiarizado con todas las piezas móviles, tome una decisión educada sobre dónde es mejor almacenar y la mejor forma de estructurar la información de perfil que desea crear.