Este problema surgió cuando estaba tratando de usar p.adjust
para ejecutar el ajuste de FDR en un vector de valores p. El problema era que muchos de los valores de p resultantes eran idénticos. Pensé que esto podría ser una peculiaridad con mis datos, pero he reproducido este mismo problema con vectores de entrada arbitrarios. Por ejemplo:R: resultados inesperados de p.adjust (FDR)
temp <- runif(40, min = 0, max = 1)
temp
# [1] 0.81563482 0.17471363 0.74697979 0.88755248 0.69676260 0.58207008
# [7] 0.87138747 0.76432908 0.64352955 0.06501659 0.70680646 0.81557281
#[13] 0.58480274 0.19476004 0.01035137 0.46119840 0.17783440 0.71828874
#[19] 0.30978182 0.76902202 0.01615609 0.93122152 0.37936458 0.52369562
#[25] 0.90997054 0.30098383 0.70873206 0.71159740 0.38148526 0.78415579
#[31] 0.64605509 0.18898361 0.76770495 0.40651004 0.42255944 0.68395505
#[37] 0.51844368 0.25855720 0.12090991 0.50110836
p.adjust(temp, method="fdr")
# [1] 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9312215 0.9062609 0.9062609 0.9312215
# [8] 0.9062609 0.9062609 0.8668878 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609
#[15] 0.3231218 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.3231218
#[22] 0.9312215 0.9062609 0.9062609 0.9312215 0.9062609 0.9062609 0.9062609
#[29] 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609
#[36] 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609
Me gustaría pensar que estoy cometiendo un error. No creo que sea razonable que FDR ajuste los valores p al mismo valor. La mayoría de los datos son idénticos y no todos en consonancia con el valor p original. ¿Alguna idea de lo que está mal aquí? Gracias.
Creo que va a encontrar que se está ejecutando como se esperaba. Pruebe 'temp <- runif (5, min = 0, max = .005)' luego 'p.adj <- sapply (p.adjust.methods, function (meth) p.adjust (temp, meth))' para dar todos los métodos de ajuste. –