formato condicional: hacer que las células de colores

Question

es posible hacer lo siguiente:

loc1 <- c("Aa", "Aa", "aa", "Aa") 
loc2 <- c("aa", "aa", "aa", "AA") 
loc3 <- c("aa", "Aa", "aa", "aa") 
gen <- data.frame(loc1, loc2, loc3) 

loc1g <- c(0.01, 0.5, 1, 0.75) 
loc2g <- c(0.2, 0.1, 0.2, 0.6) 
loc3g <- c(0.8, 0.8, 0.55, 1) 
pval <- data.frame(loc1g, loc2g, loc3g) 

Quiero imprimir a un archivo de generación de trama de datos tal manera que se forma condicional formateado por la trama de datos pval. Significa que (fila1, col1) del color gen depende de pvale (fila1, col1). Los siguientes son los códigos de colores:

0 to 0.3 is "red" text color 
0.31 to 0.7 is "yellow" 
> 0.7 is "red" 

Gen [1,1] será "Aa" impreso en el color del texto rojo y así sucesivamente ....

apreciado su ayuda.

EDITS:

estoy más interesado en la impresión de no trazado en el gráfico. Si puedo guardar la salida como MS Excel y abrir en MSEXCEL, sería genial. También puedo incluir otros tipos de formato de editores de texto que pueden leer texto codificado por colores. Como mi matriz de datos originales debe tener una dimensión de 1000 x 1000 o incluso más. Me gustaría conocer rápidamente el valor de p que se desprende de cada categoría gen.

Answer 1

dar una respuesta POC-como que está utilizando un bucle feo y no el diseño más hermoso:

Cargando p.ej. el paquete xlxs para poder escribir en Excel 2007 Formato: (consulte el manual)

library(xlsx) 

Vamos a crear un libro y una hoja:

wb <- createWorkbook() 
sheet <- createSheet(wb, "demo") 

definir algunos estilos para usar en la hoja de cálculo :

red <- createCellStyle(wb, fillBackgroundColor="tomato", fillForegroundColor="yellow", fillPattern="BIG_SPOTS") 
yellow <- createCellStyle(wb, fillBackgroundColor="yellow", fillForegroundColor="tomato", fillPattern="BRICKS1") 

y lo feo de bucle que está pegando cada célula de la hoja de cálculo con el formato adecuado:

for (i in 1:nrow(pval)) { 
    rows <- createRow(sheet, rowIndex=i) 
    for (j in 1:ncol(pval)) { 
     cell.1 <- createCell(rows, colIndex=j)[[1,1]] 
     setCellValue(cell.1, gen[i,j]) 
     if ((pval[i,j] < 0.3) | (pval[i,j] > 0.7)) { 
      setCellStyle(cell.1, red) 
     } else { 
      setCellStyle(cell.1, yellow) 
     } 
    } 
} 

guardar el archivo de Excel:

saveWorkbook(wb, '/tmp/demo.xls') 

Resultado: demo.xls

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solución alternativa con el paquete ascii:

ascii.data.frame() puede exportar tramas de datos a un montón de formatos con la capacidad de agregar algún formato. P.ej.exportar a Pandoc, definir primero los estilos de cada uno células a una matriz con las mismas dimensiones que pval:

style <- matrix('d', dim(pval)[1], dim(pval)[2]) 
style[pval < 0.3 | pval > 0.7] <- 's' 

Ajuste la salida deseada:

options(asciiType = "pandoc") 

y exportar el marco de datos:

> ascii(gen, style=cbind('h', style)) 

    **loc1** **loc2** **loc3** 
--- ---------- ---------- ---------- 
1 Aa   **aa**  **aa**  
2 **Aa**  **aa**  Aa   
3 **aa**  aa   **aa**  
4 **Aa**  **AA**  **aa**  
--- ---------- ---------- ---------- 

Con ascii::Report puede convertirlo fácilmente en pdf, odt o html. Hay que probarlo :) pequeña demo con HTML de salida: result

r <- Report$new() 
r$add(section("Demo")) 
r$add(ascii(gen, style=cbind('h', style))) 
options(asciiType = "pandoc") 
r$backend <- "pandoc" 
r$format <- "html" 
r$create() 

Y ODT de salida: result

r$format <- "odt" 
r$create() 

Answer 2

Parece que quiere imitar a Excel. Aquí hay un par de ejemplos:

x = 1:ncol(pval) 
y = 1:nrow(pval) 

# Colored backgrounds 
dev.new(width=4, height=4) 
image(x, y, t(as.matrix(pval)), 
    col = c('red', 'yellow', 'red'), 
    breaks = c(0, 0.3, 0.7, 1), 
    xaxt='n', 
    yaxt='n', 
    ylim=c(max(y)+0.5, min(y)-0.5), 
    xlab='', 
    ylab='') 
centers = expand.grid(y, x) 
text(centers[,2], centers[,1], unlist(gen)) 

# Colored text 
dev.new(width=4, height=4) 
image(x,y, matrix(0, length(x), length(y)), 
    col='white', 
    xaxt='n', 
    yaxt='n', 
    ylim=c(max(y)+0.5, min(y)-0.5), 
    xlab='', 
    ylab='') 
pvals = unlist(pval) 
cols = rep('red', length(pvals)) 
cols[pvals>0.3 & pvals<=0.7] = 'yellow' 
text(centers[,2], centers[,1], unlist(gen), col=cols) 
grid(length(x),length(y)) 

Answer 3

Si realmente quiere hacer esto (ver @ comentario de Joris para una mejor manera), recomendaría encarecidamente abandonar Excel y probarlo en LaTeX. Utilice el paquete R xtable combinado con el LaTeX package \colortbl.

Ventajas:

• Bastante impresión
• Molestias Sin Excel (exportar a Excel es fácil, exportar a Excel, manteniendo el formato es mucho más difícil, y una receta de errores)

Desventajas :

• No es Excel
• Probablemente tome algún trabajo hacer que los colores funcionen con xtable. Sin embargo, solo tiene que hacer esto una vez y luego funcionará para siempre; incluso puede liberar su función en un paquete o enviarla a los mantenedores de xtable para su inclusión en el paquete y salvar el problema a todos los demás.