Si tengo algunos datos y hago un ANOVA y pruebas post-hoc, ¿cómo hago un diagrama de caja que agrega la clasificación post-hoc automáticamente, en lugar de tener que editar la figura fuera de R ?Posthoc labels en anova boxplot en R
Por ejemplo, he aquí algunos datos para comenzar:
install.packages("reshape", dependencies=T)
library(reshape)
x <- rnorm(30)
y <- rnorm(30)+1
z <- rnorm(30)+0.5
data.1 <- data.frame(x, y, z)
data.2 <- melt(data.1)
Aquí está el código para ejecutar un simple ANOVA manera y todas las pruebas post-hoc COMPARACIÓN no planificados:
linear.model <- lm(value~variable, data=data.2)
anova(linear.model)
# Analysis of Variance Table
# Response: value
# Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
# variable 2 10.942 5.4710 5.8628 0.004087 **
# Residuals 87 81.185 0.9332
TukeyHSD(aov(linear.model))
# Tukey multiple comparisons of means
# 95% family-wise confidence level
# Fit: aov(formula = linear.model)
# $variable
# diff lwr upr p adj
# y-x 0.8344105 0.2396705 1.42915051 0.0034468
# z-x 0.2593612 -0.3353788 0.85410126 0.5539050
# z-y -0.5750493 -1.1697893 0.01969078 0.0602975
En este punto, quiero clasificar x en el grupo "a", y en el grupo "b" yz en el grupo "a, b". Puedo hacer un diagrama de caja, pero ¿cómo anotarlo con las letras?
boxplot(value~variable, data=data.2)
Eso funciona! ¿Hay alguna forma de hacer la misma anotación en gráficos base R? – user1006644
Sí, por ejemplo, 'text (x = 1: 3, y = 3, c (" a "," b "," b, c "))' después de la función 'boxplot'. – rcs
¡Gracias James y RCS! – user1006644