Cómo superponer curvas de densidad múltiple en un trazado en R

Question

Tengo datos que se parecen a this.

Y tengo la intención de crear una curva de densidad múltiple en una parcela, donde cada curva corresponde a la ID única.

Intenté usar el paquete "sm", con este código, pero sin éxito.

library(sm) 
dat <- read.table("mydat.txt"); 
plotfn <- ("~/Desktop/flowgram_superimposed.pdf"); 
pdf(plotfn); 

sm.density.compare(dat$V1,dat$V2, xlab = "Flow Signal") 
colfill <- c(2:10); 
legend(locator(1), levels(dat$V2), fill=colfill) 

dev.off(); 

Por favor, consejos cuál es la forma correcta de hacerlo o si hay forma alternativa de hacerlo?

Estoy tratando de obtener este tipo de trama al final. figure http://img524.imageshack.us/img524/2736/testl.png

Answer 1

Trate de usar ggplot2:

dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/") 
library(ggplot2) 
qplot(V1, colour=factor(V2), data=dnow, geom="density") 

Answer 2

Uso de gráficos de base en un código de espagueti de la manera:

plot.multi.dens <- function(s) 
{ 
junk.x = NULL 
junk.y = NULL 
for(i in 1:length(s)) 
{ 
junk.x = c(junk.x, density(s[[i]])$x) 
junk.y = c(junk.y, density(s[[i]])$y) 
} 
xr <- range(junk.x) 
yr <- range(junk.y) 
plot(density(s[[1]]), xlim = xr, ylim = yr, main = "") 
for(i in 1:length(s)) 
{ 
lines(density(s[[i]]), xlim = xr, ylim = yr, col = i) 
} 
} 
dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/") 
library(sqldf) 
x <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==0")) 
y <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==1")) 
z <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==2")) 
plot.multi.dens(list(x,y,z)) 
library(Hmisc) 
le <- largest.empty(x,y,.1,.1) 
legend(le,legend=c("x","y","z"), col=(1:3), lwd=2, lty = 1) 

Answer 3

me vi obligado a hacer esto mucho cuando se mira en los microarrays de datos, por lo que Lo saqué como parte de una biblioteca de código de utilidad que guardo en github: ARE.utils, específicamente la función plot.densities.

Se utiliza gráficos de base para que pueda tomar la inspiración de esa función para crear su propio, o que acaba de tomar toda la venta (pero depende de algunas otras funciones en esa biblioteca):

1. create.densities, que convierte una lista/matriz/etc. de datos en una lista de densidades; y
2. match.dim función (que convierte los "nombres" de dimensión en ejes numéricos).

(Usted puede, opcionalmente, instalar todo el paquete, pero no prometo que las funciones allí no cambiarán de una manera incompatible).

No es difícil escribir su propia función, pero solo asegúrese de tener la función de elegir el rango correcto en los ejes y esas cosas. De todos modos, usted entonces utilizar el código como el siguiente:

library(ARE.utils) 
# Create a matrix dataset with separate observations in columns 
dat <- matrix(c(rnorm(100), rnorm(100, mean=3), 
       rnorm(100, mean=3, sd=2)), 
       ncol=3) 
# Plot them 
plot.densities(dat, along='cols') 

que crearía tres gráficos de densidad diferentes en el mismo eje con sus propios colores.

Answer 4

También puede resolver esto usando el paquete de celosía.

require(lattice) 
dnow <- read.table('http://dpaste.com/88561/plain/') 
densityplot(~V1, groups=V2, data=dnow)