Cómo lo hice es tener un campo en la base de datos que identificó algo único sobre el bloque de código que debe ejecutarse. Esa palabra está en el nombre de archivo de ese código. Puse las cuerdas juntas para señalar el archivo php que se incluirá. ejemplo:
$lookFor = $row['page'];
include("resources/" . $lookFor . "Codebase.php");
De esta manera, incluso si un hacker podría acceder a que DB no podía poner el código malicioso directamente allí para ser ejecutado. Tal vez podría cambiar la palabra de referencia, pero a menos que realmente pueda poner un archivo directamente en el servidor no le haría ningún bien. Si pudiera poner los archivos directamente en el servidor, de todos modos quedarías hundido si realmente quiere ser desagradable. Sólo mis dos centavos valen la pena.
Y sí, hay razones por las que desea ejecutar código almacenado, pero hay contras.
Gracias por esta pregunta. Al contrario de muchas de las "respuestas" a continuación, esta es una buena y útil. Hay muchos usos LEGIT en los que desearía almacenar comandos PHP en un DB. Decir "no lo hagas" sin conocer las circunstancias es simplemente arrogante. –