¿Cómo uso plyr para numerar filas?

Question

Básicamente quiero una columna de ID autoincremented basado en mis cohortes -. En este caso (Kmer, cvCut)

> myDataFrame 
     size kmer cvCut cumsum 
1  8132 23 10  8132 
10000 778 23 10 13789274 
30000 324 23 10 23658740 
50000 182 23 10 28534840 
100000 65 23 10 33943283 
200000 25 23 10 37954383 
250000 584 23 12 16546507 
300000 110 23 12 29435303 
400000 28 23 12 34697860 
600000 127 23  2 47124443 
600001 127 23  2 47124570 

quiero una columna añadida de que tiene nuevos nombres de las filas en función del grupo Kmer/cvCut

> myDataFrame 
     size kmer cvCut cumsum newID 
1  8132 23 10  8132  1 
10000 778 23 10 13789274  2 
30000 324 23 10 23658740  3 
50000 182 23 10 28534840  4 
100000 65 23 10 33943283  5 
200000 25 23 10 37954383  6 
250000 584 23 12 16546507  1 
300000 110 23 12 29435303  2 
400000 28 23 12 34697860  3 
600000 127 23  2 47124443  1 
600001 127 23  2 47124570  2 

Answer 1

me gustaría hacerlo de esta manera:

library(plyr) 
ddply(df, c("kmer", "cvCut"), transform, newID = seq_along(kmer)) 

Answer 2

Sólo añadir una nueva columna cada vez plyr te llama:

R> DF <- data.frame(kmer=sample(1:3, 50, replace=TRUE), \ 
        cvCut=sample(LETTERS[1:3], 50, replace=TRUE)) 
R> library(plyr) 
R> ddply(DF, .(kmer, cvCut), function(X) data.frame(X, newId=1:nrow(X))) 
    kmer cvCut newId 
1  1  A  1 
2  1  A  2 
3  1  A  3 
4  1  A  4 
5  1  A  5 
6  1  A  6 
7  1  A  7 
8  1  A  8 
9  1  A  9 
10 1  A 10 
11 1  A 11 
12 1  B  1 
13 1  B  2 
14 1  B  3 
15 1  B  4 
16 1  B  5 
17 1  B  6 
18 1  C  1 
19 1  C  2 
20 1  C  3 
21 2  A  1 
22 2  A  2 
23 2  A  3 
24 2  A  4 
25 2  A  5 
26 2  B  1 
27 2  B  2 
28 2  B  3 
29 2  B  4 
30 2  B  5 
31 2  B  6 
32 2  B  7 
33 2  C  1 
34 2  C  2 
35 2  C  3 
36 2  C  4 
37 3  A  1 
38 3  A  2 
39 3  A  3 
40 3  A  4 
41 3  B  1 
42 3  B  2 
43 3  B  3 
44 3  B  4 
45 3  C  1 
46 3  C  2 
47 3  C  3 
48 3  C  4 
49 3  C  5 
50 3  C  6 
R> 

Answer 3

creo que esto es lo que quiere:

cargar los datos:

x <- read.table(textConnection(
"id  size kmer cvCut cumsum 
1  8132 23 10  8132 
10000 778 23 10 13789274 
30000 324 23 10 23658740 
50000 182 23 10 28534840 
100000 65 23 10 33943283 
200000 25 23 10 37954383 
250000 584 23 12 16546507 
300000 110 23 12 29435303 
400000 28 23 12 34697860 
600000 127 23  2 47124443 
600001 127 23  2 47124570"), header=TRUE) 

Uso ddply:

library(plyr) 
ddply(x, .(kmer, cvCut), function(x) cbind(x, 1:nrow(x)))