Una gran diferencia entre el exe y msi: Puede EDIT un archivo MSI.
Puede acceder a la base de datos MSI directamente usando Orca -o bien- codificarla a través de las API de WindowsInstaller, utilizando sus métodos favoritos de hackeo de Windows.
Ej. Escribí un generador basado en Python que, entre muchas otras tareas, edita y actualiza rutinariamente paquetes MSI.
Una advertencia rápida a desafiar las almas:
Aunque las API parecen bien documentado, una gran cantidad de funcionalidad WI es sutil, aunque críptica - el equipo de MS Office sin duda hizo no eligieron el principio de "Menos sorpresa" cuando crearon Windows Installer.
SI decide adentrarse en el mundo de la mística WI, esté preparado para largas horas de rascarse la cabeza, la depuración tedioso y verter sobre MSI enormes archivos de registro