No puede modificar su propio EXE para que contenga datos almacenados en cualquier forma que se acerque a una forma elegante o compacta. En primer lugar, el sistema operativo obtiene un bloqueo en el archivo EXE mientras se ejecuta la aplicación contenida en él. En segundo lugar, un EXE viene precompilado (al menos en MSIL), y la modificación de los datos fuente del archivo generalmente requiere una recompilación para restablecer varios punteros a los identificadores de código, o bien un conocimiento GRAVE en un nivel muy esotérico sobre lo que estás haciendo el archivo.
Los métodos generalmente aceptados son el archivo de configuración de la aplicación, un archivo de recursos o algún archivo personalizado que cree/lea/modifique en el tiempo de ejecución, como lo está haciendo ahora. Dos archivos para una aplicación no deben ser motivo de preocupación
Sí, sé que no está mal como está, pero con Mac puedes copiar el ejecutable, que también es una carpeta, y toda tu información va contigo. Parece un pequeño detalle, pero me gustaría ponerlo a trabajar. –