Para compilar un archivo sobre la marcha que tendrá que hacer algo en este sentido (en los que el código fuente es una cadena containg el código para compilar):
CodeDomProvider codeProvider = new CSharpCodeProvider();
ICodeCompiler compiler = codeProvider.CreateCompiler();
// add compiler parameters
CompilerParameters compilerParams = new CompilerParameters();
compilerParams.CompilerOptions = "/target:library /optimize";
compilerParams.GenerateExecutable = false;
compilerParams.GenerateInMemory = true;
compilerParams.IncludeDebugInformation = false;
compilerParams.ReferencedAssemblies.Add("mscorlib.dll");
compilerParams.ReferencedAssemblies.Add("System.dll");
// compile the code
CompilerResults results = compiler.CompileAssemblyFromSource(compilerParams, sourceCode);