argumentos de línea de comando en bash a Rscript

Question

Tengo un script bash que crea un archivo csv y un archivo R que crea gráficos a partir de eso.

Al final de la escritura del golpe que llamo Rscript Graphs.R 10

La respuesta que obtengo es el siguiente:

Error in is.vector(X) : subscript out of bounds 
Calls: print ... <Anonymous> -> lapply -> FUN -> lapply -> is.vector 
Execution halted 

Las pocas primeras líneas de mi Graphs.R son:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
CorrAns = args[1] 

No tengo idea de qué estoy haciendo mal? El consejo en la red me parece decir que esto debería funcionar. Es muy difícil hacer sentido de commandArgs

Answer 1

Con el siguiente en args.R

print(commandArgs(TRUE)[1]) 

y la siguiente en args.sh

Rscript args.R 10 

Obtengo la siguiente salida desde bash args.sh

[1] "10" 

y ningún error. Si es necesario, conviértalo a tipo numérico usando as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]).

Answer 2

Lectura de la docs, parece que pueda necesitar para eliminar el TRUE de la llamada a commandArgs() que no se llama a la secuencia de comandos con --args. O eso, o necesita llamar al Rscript Graphs.R --args 10.

Uso

commandArgs(trailingOnly = FALSE)

Argumentos

trailingOnly lógico. ¿Deberían devolverse solo argumentos después de --args?

Answer 3

Sólo una conjetura, tal vez usted necesita para convertir CorrAns de un personaje a numérica, ya que la sección Valor de ?CommandArgs dice:

Un vector de caracteres que contiene el nombre del ejecutable y el suministrado por el usuario argumentos de línea de comando.

ACTUALIZACIÓN: Podría ser tan fácil como:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
(CorrAns = args[1]) 
(CorrAns = as.numeric(args[1])) 

Answer 4

Rscript args.R 10 donde 10 es el valor numérico que queremos pasar al script R.

print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) imprime el valor que puede asignarse a una variable.