¿Qué versión de IIS? Si usa 5.1 o 6, tendrá que usar objetos com para llegar allí. Si usa 7, tiene la opción de nuevas clases en .net.
Para 5.1 y 6, tiendo a usar ADSI, en lugar de WMI, porque he visto muchos sistemas donde WMI está escamosa o no está instalado correctamente. No estoy seguro de cómo sucede esto, pero nunca me he encontrado con un problema al usar los objetos ADSI. Nota: en realidad puede seguir utilizándolos en IIS 7, pero debe habilitar la opción Compatibilidad de administración de IIS 6, en las funciones de agregar/quitar ventanas.
Para obtener más información sobre los objetos basados en IIS7, echa un vistazo a: Creating Virtual directory in IIS with c#
OP sería mejor usar la API ADSI presentada a través de 'System.DirectoryServices'. Es mucho menos complicado que WMI. – Kev
¿Esto funcionó? ¿Puedes marcarlo como aceptado? –