Instalación de un paquete/herramienta de python por un usuario no root

Question

(1) Tengo que instalar un paquete de python (HTSeq) pero no tengo privilegios de administrador.

El paquete necesita Python 2.4 o la última versión. Tenemos Python 2.3 en nuestro cluster.

Así me instalado Python 2.7 en mi un directorio local usando

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install 

(2) El paquete también requiere numpy: por lo que también se instala en mi directorio local usando:

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

y hecho

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/") 

(3) He descargado el archivo tar de H TSeq (que yo quiero para descargar) y ejecutar

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq 

es tirar siguiente error:

Could not import 'setuptools', 
falling back to 'distutils'. 
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'. 
Please install numpy and then try again to install HTSeq. 

Ten la amabilidad de proporcionar alguna pista sobre cómo superarlo

Gracias de antemano

Answer 1

Setuptools es otro requisito que necesita para instalar ese paquete.

Una opción es usar virtualenv para crear un entorno python contenido. Esto se puede hacer en todas partes y es propiedad del usuario que lo crea.

Para instalar virtualenv sin derechos de administrador (de this answer):

Descargar tar.gz de la última versión del virtualenv. Descomprimirlo. Ni siquiera necesita instalarlo, basta con ejecutar virtualenv.py, por ejemplo:

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz 
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz 
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env 

env/bin/pip install HTSeq 
env/bin/pip install numpy 

Ahora ejecute el script con el pitón binaria en el entorno virtual:

env/bin/python myscript.py 

Answer 2

1) Usted tiene que instalar setuptools (es necesario ejecutar setup.py de su HTSeq).

fuentes Descarga tar.gz.setuptools-0.6c11.tar.gz, descomprimirlo, y luego hacer los pasos que ha instalado como python2.7, pero en la carpeta donde se ha descomprimido setuptools fuentes:

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install 

2) Cuando se quiere instalar setuptools, un ejecutable easy_install aparecerá en la carpeta python2.7/scripts/. Se puede utilizar para instalar los paquetes fácilmente:

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq 

encontrará automáticamente el paquete y se descarga e instala por usted, junto con todas las dependencias.