Cómo usar el cacheSweave en un lote ¿Quieres llamar a Sweave a través de make?

Question

He estado usando un archivo MAKE para automatizar el funcionamiento de Sweave para mis informes de análisis en R usando el enfoque descrito por Jeromy Anglim con gran éxito. Hace poco escuché sobre el paquete cacheSweave y me gustaría incorporar esa funcionalidad a mi archivo Rnw. Utilizo el paquete ProjectTemplate para cargar todos los archivos necesarios al inicio, y eso lleva algo de tiempo porque tengo que preprocesar los archivos de datos en bruto. Los ejemplos en el show viñeta cacheSweave cómo ejecutar Sweave con el conductor dentro de una sesión cacheSweave R:

library(cacheSweave) 
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver) 

¿Cómo iba a utilizar el cacheSweaveDriver en mi comando para ejecutar Sweave en modo batch? En mi makefile así es como invoco Sweave:

$(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD SWeave $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw 

estoy usando Emacs + ESS para crear el archivo .Rnw y ejecutar make. Aquí está el resto de mi makefile para referencia:

TEXFILE=report_presentation 
PLOTDIR= ../graphs 
PLOTS= 
FIGURES= $(PLOTDIR)/$(PLOTS) 
INPUTS= 

all: $(TEXFILE).pdf; make clean 

.PHONY: all clean 

$(TEXFILE).pdf: $(TEXFILE).tex $(FIGURES) $(INPUTS) 
# Initial run 
pdflatex $(TEXFILE) 

# Run bibtex if missing citations 
@if(grep "Citation" $(TEXFILE).log > /dev/null);\ 
then \ 
    bibtex $(TEXFILE);\ 
    pdflatex $(TEXFILE); \ 
fi 

# Recompile if instructed 
@if(grep "Rerun" $(TEXFILE).log > /dev/null);\ 
then \ 
    pdflatex $(TEXFILE); \ 
fi 

    $(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Sweave $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw 

    ## Remove unnecessary files 
    clean: 
     -rm -f $(TEXFILE).log $(TEXFILE).aux $(TEXFILE).out $(TEXFILE).blg $(TEXFILE).bbl $(TEXFILE).nav $(TEXFILE).snm $(TEXFILE).toc Rplots.pdf 

Answer 1

Gregor Gorjanc tiene un script de shell para permitir esto:

http://ggorjan.blogspot.com/2008/11/sweavesh-plays-with-cachesweave.html

Es más elegante que mi solución casera: que es para hacer una simple archivo llamado "runcachesweave.R" que contiene:

library(cacheSweave) 
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver) 

Y luego llamar R CMD LOTE runcachesweave.R; -pdf latexmk foo.tex