Cálculo de la relación AUC en R

Estoy generando modelos de nicho ecológico para un conjunto de especies y me gustaría utilizar AUC como una métrica para la calidad de nicho ecológico. Steven Phillips, quien desarrolló Maxent, proporciona el código en su manual de Maxent para calcular el AUC en R. Sin embargo, estoy leyendo documentos que informan relaciones AUC parciales como una métrica más robusta y conceptualmente más sólida. Creo que entiendo cómo calcular el AUC parcial usando el paquete ROCR R, pero ¿cómo se calcula la relación AUC?Cálculo de la relación AUC en R

Aquí es el guión de Phillips tutorial:

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv") 
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv") 
pp<-presence$Logistic.prediction 
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"] 
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"] 
bb<-background$logistic 

combined<-c(testpp,bb) 
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb))) 
pred<-prediction(combined,label) 
perf<-performance(pred,"tpr","fpr") 
plot(perf,colorize=TRUE) 
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC 

AUC<-function(p,ind){ 
    pres<-p[ind] 
    combined<-c(pres,bb) 
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb))) 
    predic<-prediction(combined,label) 
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]]) 
} 

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR 
b1

Cualquier consejo o sugerencia sería muy apreciada! Gracias.

Fuente

2011-10-18 Pascal

Sin conocer los detalles de su conjunto de datos y aplicaciones,

parcial AUC: El área bajo sólo una parte de la curva. (generalmente elegido porque es más robusto o deseable, como usted dijo)
Proporción AUC: La relación de un AUC a otro. (Por lo general una referencia de algún tipo)

Soo ...

relación AUC parcial: La proporción de uno a otro AUC parcial.

Fuente

2011-10-19 04:03:06

Entonces, ¿está diciendo que la relación AUC no es realmente una medida de calidad de un modelo de nicho, sino más una métrica cuando se comparan varias salidas de modelado con algún parámetro determinado que varía? – Pascal

Correcto, como lo veo, se usa en general. Sin embargo, todavía es posible que haya un significado más específico en su campo. No sé nada sobre modelos de nichos ecológicos, así que desafortunadamente no soy de ayuda allí. De todos modos, aquí hay un ejemplo de cómo normalmente lo veo utilizado, en caso de que lo ayude: http://www.drug-interactions.eu/eng/AUC.htm –

Ok, probablemente tengas razón. Creo que he estado malinterpretando lo que estaban tratando de mostrar con las proporciones de AUC en el documento que estaba leyendo. ¡Gracias por la aclaración! – Pascal

El paquete ROCR puede calcular valores de AUC parciales utilizando el parámetro fpr.stop=. Como dijo John, la relación es solo este valor dividido por el mismo cálculo para su modelo de referencia.

Fuente

2011-10-19 07:06:08

Cálculo de la relación AUC en R

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