Cuando dice los archivos de su aplicación web, no estoy seguro de a qué se refiere exactamente.
Si se refiere a su código implementado, probablemente no tenga sentido usar EBS. Lo que quiere hacer es crear una AMI con sus requisitos previos, luego tener una secuencia de comandos para crear una instancia de esa AMI e implementar su último código. Le recomiendo que automatice y pruebe este proceso, ya que es fácil olvidarse de alguna configuración que debe cambiar manualmente en algún lugar.
Si está almacenando archivos de datos, que son modificados por la aplicación en ejecución, EBS puede tener sentido. Si esto es algo así como imágenes cargadas por el usuario o similares, es probable que encuentre que S3 le brinda un modelo mucho más simple.
EBS sería bueno para: bases de datos, índices lucene, archivo basado en CMS, repositorio SVN, o algo similar a eso.
Nadie conoce sus necesidades excepto usted. Tal vez deberías eludir ... –
Votó una copia de seguridad porque es una pregunta perfectamente legítima. –
Como señala Kevin Peterson en su respuesta, sería muy relevante saber si se refería a los archivos implementados de código o de datos. – Jonik