[rant] También me falta la reputación de poner mi respuesta donde corresponde. Y no hay ningún botón allí que indique esto. Solo una gran pantalla llena de nada deseosa de hacer clic. La detectabilidad negativa apesta. Apesta Eclipse y apesta aquí también. [/ rant]
Estoy encontrando rj frustrante en Ubuntu. En mi sistema, con cada actualización principal de Ubuntu con una nueva versión de R, tengo que pasar por este procedimiento otra vez.
Una vez traté de usar un carácter tilde (~) en un nombre de ruta dentro de algún campo de configuración de Eclipse. Esto falló en silencio.
Mi configuración actual es la siguiente. En mi archivo ~/.Renviron:
R_LIBS_USER=~/etc/R/amd64/2.11
Una vez funciona rJava, hay un directorio de rJava aquí. Solo para no volverme loco, en ~/etc/R/README, puse una nota que mi configuración R actual está controlada por ~ /.Renviron
alguna manera en un punto que terminó con problemas de permisos cuando
R CMD javareconf
estaba fallando. Una vez en la frustración, tontamente ejecuté esto bajo sudo para evitar este problema y terminé con problemas de permisos en los archivos generados. ¡Estúpido! La solución correcta era hacer legibles todos los archivos en /etc/R. Quizás javareconf solo sea importante si te metes con tu Java por defecto. Anteriormente, estaba ejecutando el JRE del Sol. Desde 10.10 estoy ejecutando icedtea6 y parece estar funcionando bien. Una vez fue justo lo que hizo que mi configuración funcionara nuevamente.
Una vez que tengo la unión de Java derecha, desde la línea de comandos R:
install.packages("rJava")
he tenido problemas con permisos de archivos que se ejecutan en el pasado. Creo que se corrigió haciendo todos los archivos en /etc/R legibles por todo el mundo.
El siguiente es un diagnóstico útil para ver si esto funcionó, desde cualquier consola R:
> system.file("jri",package="rJava")
[1] "/home/allan/etc/R/amd64/2.11/rJava/jri"
Si no se ve bien en virtud de Eclipse, hay también un cierto depuración de arranque disponibles, aunque tardó siempre antes de que notara esto en los documentos en StatET.
Creé una configuración de ejecución de consola R para R 2.11 debug En la pestaña JRE, agregue -Dde.walware.rj.verbose=true. En la pestaña Común, haga clic en Allocate additional Error Log Consoles.
Las principales opciones de configuración son las siguientes. Pestaña principal, Launch Type: RJ. Pestaña R_Config, debe seleccionar una Instalación R configurada, o crear/editar una si no tiene una que funcione. El mío es Name=R, Location=/usr/lib64/R En la pestaña Entorno tengo R_LIBS_USER=/home/USER/etc/R/amd64/2.11 de acuerdo con cómo configuré las cosas arriba. ¡No use el carácter de tilde (~) aquí!
Si terminas haciendo tanto con este problema como yo, terminas matando a muchas consolas muertas. En la pestaña Principal agregué la opción de programa --no-save. No creo que esto haga nada, ya que no puedo finalizar mi consola presionando CTRL-D. En la pestaña R_Console, añadí la siguiente R fragmento:
q <- function(save = "no", status = 0, runLast = TRUE){
.Internal(quit(save, status, runLast))
#<environment: namespace:base>
}
Esto se deshace de la molesta "espacio de trabajo de salvar" pronta al matar a una consola de R con el cuadrado rojo (es que simbólico?) Mi espacio de trabajo actual también incluye un proyecto C, por lo que mi consola R aparece constantemente debajo de una consola C-Build en blanco. ¡Molesto como el infierno! Todavía no lo he resuelto, pero sí descubrí que, desde dentro de un código StatET, la tecla CTRL-R C tira de la consola R hacia la parte superior.
Con mi configuración R 2.11 debug consigo una consola adicional titulada /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/bin/java. Tendrá que spelunk el menú desplegable de la consola para encontrarlo. El siguiente es un fragmento procedente de una inicialización exitosa:
CONFIG: JR library path:
/home/allan/etc/R/amd64/2.11
/usr/local/lib64/R/site-library
/usr/lib64/R/library
10-Dec-2010 7:56:47 AM org.rosuda.rj.JRClassLoader addClassPath
FINE: Added '/home/allan/etc/R/amd64/2.11/rJava/java' to classpath of URL loader
Mucho más spoo, y finalmente:
10-Dec-2010 7:56:48 AM de.walware.rj.server.jriImpl.RosudaJRIServer start
INFO: R engine started successfully. New Client-State: 'Connected'.
Se ve bien, ¿verdad?Pero hete aquí que en la consola R:
[INFO] The R package 'rj' is not available, R-StatET tools cannot be initialized.
ignorar el bastardo mentiroso! Resulta que mi rj está funcionando bien. No tengo idea de por qué persiste este mensaje de falla.
Cada vez alrededor de la cuadra con este problema, una nueva pieza de grava increíble termina en mi zapatilla.
No sé si he cubierto todo, pero he escrito suficiente por ahora. Tal vez si hay comentarios, volveré y completaré los espacios en blanco.
Nota: Se encontraron un plugin de Eclipse para la conmutación de la consola con el teclado aquí: Eclipse: Keyboard shortcut for switching between consoles?
Gracias. Sus comentarios me dieron un empujón en la dirección correcta. Estaba siendo tonto, el comando simplemente se ejecuta en la Terminal R CMD INSTALL --no-test-load rj _ *. Tar.GZ * instalación de la biblioteca '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library' * Instalación * fuente * paquete 'RJ' ... ** R ** inst ** paquete de preparación para la carga diferida ** No hay ayuda páginas del manual que se encuentran en el paquete 'RJ' *** instalación de índices de ayuda ** índices paquete de construcción ... * FIN (RJ) – user441706
@ user441706 - contenta de que se puso en marcha en la dirección correcta, me debería haber mencionado que el comando debe ejecutarse desde la ventana de terminal en una Mac o en Linux, o desde un indicador de DOS en una máquina con Windows. ¡Buena suerte! – Chase
OK - ¡todo funciona y 'ESPERÉ' mi primer documento en Eclipse! Uno piensa que no fue del todo el plan era la lectura de un archivo csv:> df <-read.csv (file.choose(), header = T) Error en file.choose(): opción de archivo cancelado pero si moví el archivo al espacio de trabajo, entonces: df <-read.csv ("/ Users/mfar_1/Documents/workspace/MF2/test.csv") ¿Elegirá no funcionar dentro de Eclipse? – user441706