Para ampliar lo que dijo foosnazzy, .NET 3.5 (SP1) es solo .NET 2.0 SP2 con algunos ensamblajes nuevos. La única razón para no instalarlo en el sitio web sería si el sitio web no se ejecuta con .NET 2.0 SP2.
Esto es muy diferente de la forma en que solía ser - instalar .NET 1.1 en un sitio web .NET 1.0 Yo era responsable de romper el sitio web, aunque el sitio web no estaba usando 1.1 - Tenía instalado 1.1 para poder usar una herramienta en particular. La actualización de .NET 1.1 a .NET 2.0 fue una pesadilla aún peor.
Pero Microsoft aprendió de esto. Las versiones .NET de 2.0 .NET 3.5 SP1 usan el .NET 2.0 Common Language Runtime (CLR). De hecho, las personas que han instalado 3.5 a menudo se sorprenden de mirar la configuración de IIS y ver que sus sitios web todavía se muestran como ejecutando .NET 2.0. Pero es exactamente el mismo .NET 2.0, solo con dos service packs aplicados. Cualquier sitio que no use los nuevos ensambles no se verá afectado en absoluto (más allá de lo que podría hacer un paquete de servicio).
Para reiterar aún más lo que se ha dicho, las características de C# 3.0 son independientes del Framework. Por ejemplo, puede usar tipos anónimos y lambdas en código .NET 2.0 puro. Lo que no se puede hacer es usar LINQ, ya que eso requiere los nuevos ensambles en .NET 3.5.
Entonces, si instalo un dll 3.5 y llamo solo a 2.0 métodos compatibles, ¿funcionará? – Keltex