Creación de una lista de adyacencia de un data.frame

Question

Tengo un data.frame con 2 columnas: el nodo A, el Nodo B. Cada entrada en el marco implica un borde en un gráfico entre el nodo A y B.

Hay debe ser una buena línea para convertir este data.frame en una lista de adyacencia. ¿Algún consejo?

Answer 1

rápida y sucia ...

> edges <- data.frame(nodea=c(1,2,4,2,1), nodeb=c(1,2,3,4,5)) 

> adjlist <- by(edges, edges$nodea, function(x) x$nodeb) 

> for (i in as.character(unique(edges$nodea))) { 
+ cat(i, ' -> ', adjlist[[i]], '\n') 
+ } 

1 -> 1 5 
2 -> 2 4 
4 -> 3 

> adjlist 
edges$nodea: 1 
[1] 1 5 
------------------------------------------------------------ 
edges$nodea: 2 
[1] 2 4 
------------------------------------------------------------ 
edges$nodea: 4 
[1] 3 

Answer 2

¿cómo podría incluso representar una lista de adyacencia en R? necesita listas de tamaño variable para el conjunto de nodos adyacentes; entonces debes usar una lista(); pero, ¿de qué sirve tenerlo en R?

puedo pensar en trucos incoherentes con funciones similares pero hacen un escaneo lineal para cada nodo. pero jugando durante 1 minuto, aquí está: una lista de emparejamientos, donde el segundo elemento de cada par es la lista de adyacencia. la salida es más loca de lo que realmente es la estructura dats.

> edgelist=data.frame(A=c(1,1,2,2,2),B=c(1,2,2,3,4)) 
> library(plyr) 
> llply(1:max(edgelist), function(a) list(node=a, adjacents=as.list(edgelist$B[edgelist$A==a]))) 
[[1]] 
[[1]]$node 
[1] 1 

[[1]]$adjacents 
[[1]]$adjacents[[1]] 
[1] 1 

[[1]]$adjacents[[2]] 
[1] 2 



[[2]] 
[[2]]$node 
[1] 2 

[[2]]$adjacents 
[[2]]$adjacents[[1]] 
[1] 2 

[[2]]$adjacents[[2]] 
[1] 3 

[[2]]$adjacents[[3]] 
[1] 4 



[[3]] 
[[3]]$node 
[1] 3 

[[3]]$adjacents 
list() 


[[4]] 
[[4]]$node 
[1] 4 

[[4]]$adjacents 
list() 

Answer 3

> edges <- data.frame(nodea=c(1,2,4,2,1), nodeb=c(1,2,3,4,5)) 

> attach(edges) 

> tapply(nodeb,nodea,unique) 

$`1` 
[1] 1 5 

$`2` 
[1] 2 4 

$`4` 
[1] 3 

Answer 4

Ya que este etiquetados igraph, ¿Y si uso construido en la funcionalidad?

> g <- graph.data.frame(edges) 
> adjlist <- get.adjedgelist(g) 

La única advertencia es que los vértices están sin índice, que cambiarán con igraph 0.6.