CVS solo rastrea la modificación archivo por archivo, mientras que SVN rastrea una confirmación completa como una nueva revisión, lo que significa que es más fácil seguir el historial de su proyecto. Agregue el hecho de que todo el software de control de fuente moderno usa el concepto de revisión, por lo que es mucho más fácil migrar desde SVN que desde CVS.
También está el problema de compromiso atómico. Si bien solo lo encontré una vez, es posible que 2 personas que se comprometan juntas en CVS puedan entrar en conflicto entre sí, perder algunos datos y poner a su cliente en un estado incoherente. Cuando se detectan temprano, estos problemas no son importantes porque sus datos todavía están por ahí en alguna parte, pero puede ser doloroso en un ambiente estresante.
Y, por último, ya no se desarrollan muchas herramientas alrededor de CVS. Mientras que las herramientas nuevas y brillantes como Git o Mercurial definitivamente aún carecen de herramientas, SVN tiene una base de aplicaciones bastante grande en cualquier sistema.
EDIT 2015: En serio, esta respuesta tiene 7 años. ¡Olvídate de SVN, ve a usar Git como todos los demás!
Quiero la misma respuesta para git vs subversion y git vs mercurial –