A pesar de ser una pregunta muy antigua, me gustaría aclarar: "paquetes" de Java (de lo que se trata la pregunta) y "paquetes" de Android .APK son dos bestias diferentes. Los "paquetes" de nivel de Java son espacios de nombres para organizar clases dentro de su aplicación, mientras que el nombre de "paquete" de Android proporciona un identificador global único para toda su aplicación.
Normalmente, al menos parte de las fuentes Java de un proyecto se encuentra en un "paquete" (espacio de nombre) de Java que coincide con el nombre del paquete Android de la aplicación, pero solo por comodidad y no es necesario. Es muy común tener varios paquetes Java dentro de su proyecto de aplicación. Agregar al proyecto clases de Java de tercera parte con diferentes espacios de nombres no afecta el nombre del paquete resultante de Android. El proyecto completo debe tener un nombre de paquete de Android globalmente único definido en el Manifiesto, que luego se utilizará para identificar su aplicación dentro de Google Play.