Probablemente sea una buena idea almacenar sus cosas en otro lugar (es decir, ya sea en un disco duro externo o en línea).
Si desea las funciones de control de fuente, necesita un repositorio de control de fuente en línea. Hay muchos de ellos, algunos gratuitos, otros pagados. Assembla, GitHub, Unfuddle y Devja Vu son algunos de los más comunes. Uso la versión gratuita de Beanstalk personalmente y la encuentro muy útil.
Si solo quieres algo de almacenamiento externo, mira sitios como DropBox (aunque DropBox no permite versiones de archivos), o incluso Microsoft Live que proporciona varios GB de espacio en disco.
Si bien puede pagar la mayoría o todos estos servicios, generalmente hay una versión gratuita para comenzar que tiene menos espacio de almacenamiento o menos funciones. Estas cuentas gratuitas son buenas para probar antes de comprar si realmente necesita ese espacio de almacenamiento adicional o características. Vale la pena probar algunos sitios para ver cuál se ajusta primero a lo que necesita.
+1 probablemente la opción más cara, pero también ofrece la mayor flexibilidad. Me gusta la idea. –