Desafortunadamente, no hay una sencilla conversión 1: 1 de Makefile a CMakeLists. Como se supone que CMake se ejecuta en todas las plataformas, no puede basarse en suposiciones específicas de la plataforma, como GNU make does, lo que complica las cosas en ciertos lugares.
En particular, CMake ofrece un mecanismo muy poderoso y bastante complejo para usar bibliotecas: Usted llama al find_package con el nombre de su biblioteca, que invocará un script de búsqueda de biblioteca desde la ruta del módulo cmake. Este script (que también está escrito en CMake) intentará detectar la ubicación del encabezado y los archivos lib de la biblioteca y almacenarlos en un par de variables de CMake que luego se pueden pasar a los comandos de CMake, como include_directories y target_link_libraries.
Existen dos problemas con este enfoque: Primero, necesita un script de búsqueda. Afortunadamente, CMake incluye scripts de búsqueda para Pthreads, Boost y un par de otros, pero si está utilizando una biblioteca más exótica, es posible que tenga que escribir el script de búsqueda usted mismo, que es una especie de experiencia arcana al principio ...
El segundo gran problema es que no existe una forma estándar para que un script de búsqueda devuelva sus resultados. Si bien hay convenciones de denominación para las variables utilizadas, a menudo no se aplican. En la práctica, eso significa que tendrá que consultar la fuente de un script de búsqueda para saber cómo usarlo. Afortunadamente, los scripts que vienen con CMake están en su mayoría muy bien documentados.
Los scripts integrados se encuentran en algún lugar como <cmake-install-prefix>/share/cmake-2.8/Modules
. Para su pregunta, mire los archivos FindBoost.cmake y FindThreads.cmake (CMake debe vincular automáticamente con la biblioteca estándar). Anycorn ya dio algunos ejemplos de código para usar el script de Boost, todo lo demás que necesita saber está en la documentación de CMake o directamente en los archivos de script de búsqueda.