Tal vez usted podría utilizar JSC: Compiling JScript Code from the Command Line .
Pero tendrá que reemplazar objetos relacionados con el navegador por objetos WinForms, que implica aprender una API nueva, o usar .NET WebBrowser object (un widget de navegador que muestra solo el contenido de una página, sin barras excepto barras de desplazamiento) en una ventana principal (Objeto de formulario) y programarlo para cargar una URL en la página con su código JS.
Aquí es un extracto de MSDN:
El control WebBrowser también le permite visualizar el contenido que cree en su aplicación o se recupera de un archivo de base de datos o recursos. Utilice la propiedad DocumentText o DocumentStream para obtener o configurar los contenidos del documento actual como una cadena o secuencia de datos.
También puede manipular el contenido de una página web a través de la propiedad Documento, que contiene un objeto HtmlDocument que proporciona acceso administrado al modelo de objeto de documento HTML (DOM) para la página actual. Esta propiedad es útil, cuando se utiliza en combinación con la propiedad ObjectForScripting, para implementar comunicación bidireccional entre su código de aplicación (Windows) y código HTML dinámico (DHTML) en una página web, lo que le permite combinar controles basados en Web y Windows Controles de formularios en una única interfaz de usuario. Puede usar la propiedad Documento para llamar a los métodos de código de secuencia de comandos desde su aplicación (código de Windows). Su código de secuencia de comandos puede acceder a su aplicación a través del objeto window.external, que es un objeto DOM integrado proporcionado para el acceso al host, y que se asigna al objeto que especifique para la propiedad ObjectForScripting.
El control WebBrowser es un contenedor administrado para el control ActiveX WebBrowser y utiliza la versión del control que esté instalada en la computadora del usuario.
¿Necesita acceso al sistema de archivos? – helpermethod
Sí y todo lo demás también. – Somebody