Recomendaría mantener su URL lo más limpia posible y tratar de usar las rutas siempre que sea posible. Debe intentar hacer RESTful URI's que transmitan información al usuario. Por ejemplo:
www.yourdomain.com/Products/Sports/Clothing
es mucho más limpio que
www.yourdomain.com/Products?Department=Sports&SubDepartment=Clothing
Si utiliza una tonelada de cadenas de consulta entonces no va a ser un URI limpio y menos información se transmite al usuario.
Dicho esto, nuestro equipo utiliza cadenas de consulta para solicitudes de tipo ajax utilizando jquery. Esto se debe a que estos URI están en nuestro marcado y no se verán en la ventana del navegador. Esto ha ayudado a mantener nuestro.asx global un poco más pequeño ya que no se contaminará con una tonelada de rutas.
Buen consejo general. –