2 millones de bases de datos? Supongo que quisiste decir "filas".
De todos modos, con respecto a las limitaciones: una de las cosas más importantes a tener en cuenta es que NDB/MySQL Cluster no es una base de datos de propósito general. En particular, las operaciones de unión, pero también las subconsultas y operaciones de rango (consultas como: pedidos creados entre ahora y una semana atrás), pueden ser considerablemente más lentos de lo que cabría esperar. Esto se debe en parte al hecho de que los datos se distribuyen en múltiples nodos. Aunque se han realizado algunas mejoras, el rendimiento de Join puede ser muy decepcionante.
Por otro lado, si necesita hacer frente a muchas transacciones concurrentes (preferiblemente pequeñas) (por lo general, actualizaciones de fila única/inserciones/eliminar por clave principal) y maneja para mantener todos sus datos en la memoria, entonces puede ser una solución muy escalable y de rendimiento.
Debe preguntarse por qué quiere el clúster. Si simplemente quiere su base de datos ordinaria que tiene ahora, excepto con una disponibilidad adicional del 99,999%, entonces puede sentirse decepcionado. Ciertamente, el clúster de MySQL puede proporcionarle una gran disponibilidad y tiempo de actividad, pero la carga de trabajo de su aplicación puede no ser muy adecuada para que el clúster de thtings sea bueno. Además, es posible que pueda utilizar otra solución de alta disponibilidad para aumentar el tiempo de actividad de su base de datos tradicional.
BTW - aquí está una lista de limitaciones como por el doc: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/mysql-cluster-limitations.html
Pero hagas lo que hagas, trata a cabo clúster, ver si es bueno para usted. El clúster de MySQL no es "MySQL + 5 nueves". Lo descubrirás cuando lo intentes.