El uso de bundler en lugar del comando gem para instalar directamente sus gemas le ofrece una gran cantidad de beneficios.
En este caso específico en el que sugiere usar el comando gem para instalarlo y agregarlo posteriormente al Gemfile, el paquete resolverá todas las dependencias por usted cuando instale una gema, que de otro modo podría resolver manualmente.
Para dar un ejemplo, tomemos las siguientes dependencias:
sunspot_rails
nokogiri (>= 1.2.0)
webrat
nokogiri (>= 1.3)
Tanto webrat y sunspot_rails gemas requieren diferentes versiones de nokogiri como una dependencia. Si solo usa el comando gem para instalarlos, es posible que instale ambas versiones de nokogiri o, peor aún, se queje de conflictos de versiones. Bundler será lo suficientemente inteligente como para resolver este conflicto de dependencia e instalar la versión correcta (digamos nokogiri 1.3) y hacer que tanto sunspot_rails como webrat sean felices.
Disculpe por la larga explicación. Pero, ¡espero que entiendas el punto! :)
Y por cierto, debería echar un vistazo a este archivo Gemfile.lock
para ver qué paquete hace entre bastidores para usted.