Probablemente la gran mayoría de las aplicaciones basadas en tk colocan todos los componentes en la ventana raíz predeterminada. Esta es la forma más conveniente de hacerlo ya que ya existe. Elegir ocultar la ventana predeterminada y crear la tuya es algo muy bueno, aunque requiere un poco de trabajo extra.
Para responder a su pregunta específica sobre cómo ocultarlo, utilice el método withdraw de la ventana raíz:
import Tkinter as tk
root = tk.Tk()
root.withdraw()
Si desea hacer la ventana visible de nuevo, llame al método deiconify (o wm_deiconify).
root.deiconify()
Una vez que haya terminado con el cuadro de diálogo, puede destruir la ventana raíz, junto con todos los otros widgets Tkinter con el destroy método:
root.destroy()
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