me di cuenta de esto en los cambios de R 2,14:¿Qué hace exactamente R CMD Sweave --pdf?
R CMD Sweave tiene ahora una opción --pdf para producir una versión en PDF del documento Sweave procesado.
Probándolo, me di cuenta de que no solo ejecutaba pdfLaTeX en el texto resultante, sino que también incluía correctamente las referencias bibTeX y se limpiaba después. Parece una muy buena forma de usar Sweave ahora (sin mencionar lo fácil que es ahora implementar toda la rutina en los editores).
Pero, ¿qué es exactamente esto que se está ejecutando? No pude encontrar más detalles al respecto. Parece Sweave -> pdflatex -> bibtex -> pdflatex -> pdflatex al menos?