me gustaría hacer una cadena de markov de primer orden simple en R. Sé que hay paquetes como MCMC, pero no pude encontrar uno para mostrarlo gráficamente. ¿Esto es posible? Sería bueno si se le diera una matriz de transición y un estado inicial, uno puede ver visualmente el camino a través de la cadena de markov (tal vez tengo que hacer esto a mano ...).Cadena de Markov simple en R (visualización)
Gracias.
Quizás esta consulta en Biostar puede ayudarlo: Visualizing HMM files of HMMER3. Apunta a dos aplicaciones externas, LogoMat-M y HMMeditor, para visualizar Modelos de Markov ocultos por perfil (pHMM).
Esto muestra cómo aplicar una matriz de transición al azar a un vector de partida en particular: c (1,0,0,0):
set.seed(123)
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4)
# need entries to be positive, could have used abs()
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1
tmat
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394
require(expm) # for the %^% function
matplot(t( # need to transpose to get arguments to matplot correctly
sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x))))
se puede ver que se acerca equilibrio: 
Me sale 'Error: inesperado '[' en" [" Ejecución detenida ' –
Lamento escuchar eso. El código todavía se ejecuta con exactamente esa salida en R 3.1.2 –
Hmm ... parece funcionar en Rstudio (aunque también imprime 'Error: inesperado '[' en" ["'), pero no cuando lo ejecuto como Rscript a través de bash. ¿Tienes alguna idea de por qué? –
El paquete coda (http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html) tiene herramientas para analizar los resultados de MCMC, incluida alguna funcionalidad de trazado.
gracias muchachos, ¡eso es lo que busqué! – user1028531
Puede usar el paquete markovchain R, que modela las Cadenas de Markov de Tiempo Discreto y contiene un recurso de trazado basado en el paquete igraph.
library(markovchain) #loading the package
myMatr<-matrix(c(0,.2,.8,.1,.8,.1,.3,0,.7),byrow=TRUE,nrow = 3) #defining a transition matrix
rownames(myMatr)<-colnames(myMatr)<-c("a","b","c")
myMc<-as(myMatr, "markovchain")
plot(myMc)
No estoy familiarizado con los paquetes en esta área, pero si usted no puede encontrar un comando de trazado en lata te gusta, siempre se puede extraer de las matrices de sí mismo y trazarlos: http://stackoverflow.com/questions/5453336/r-plot-correlation-matrix-into-a-graph –
gracias. esa sería otra idea en caso de que no exista algo así :) – user1028531
un poco más de aclaración o un ejemplo crudo de lo que quiere sería útil: las respuestas a continuación están en todo el mapa porque las personas interpretan su pregunta de diferentes maneras. –