Básicamente, hay 3 formas de conseguirlo:
1.- Uso de SQL Sintax en el lado del cliente: Se puede olvidarse de minimongo limitaciones a la agrupación y los sindicatos. Use Alasql en el cliente y normalice las colecciones de mongo.
2.- Utilice un conector SQL: pruebe el conector MySql de numltel. La desventaja es que rompe las implementaciones de meteoro.
3.- Utilice mongo como esclavo para la base de datos relacional, manteniéndolos sincronizados. MySql Shadow usa esto. También es posible que desee ver symmetric.ds para establecer la replicación mongo bidireccional con muchos motores Sql.
He recogido mi investigación en este repo:
https://github.com/vchigne/sqlAndMeteor