En primer lugar me gustaría crear un archivo que incluye todos los capítulos y apéndices, etc. algo que se llama main.tex o thesis.tex
allí se puede hacer todo el documento incluye y ajustes, y también la configuración de encabezado y pie de página:
% Free Header and Footer
\usepackage{fancyhdr}
\lfoot[\fancyplain{}{}]{\fancyplain{}{}}
\rfoot[\fancyplain{}{}]{\fancyplain{}{}}
\cfoot[\fancyplain{}{\footnotesize\thepage}]{\fancyplain{}{\footnotesize\thepage}}
\lhead[\fancyplain{}{\footnotesize\nouppercase\leftmark}]{\fancyplain{}{}}
\chead{}
\rhead[\fancyplain{}{}]{\fancyplain{}{\footnotesize\nouppercase\sc\leftmark}}
aquí haría que el número de página en el centro de su página pie. y el título del capítulo a la izquierda de su encabezado y también a la derecha si su trabajo está en doble paginación.
continuación, puede empezar a incluir a sus otros capítulos .. mío parece que (todavía en thesis.tex):
% --- Start of Document ----------------------------------------
\begin{document}
\pagenumbering{roman} %roemische ziffern
\pagestyle{fancy} % Initialize Header and Footer
\include{title} % Title Page
\include{affidavit} % affidavit
\include{abstracts} % Englisch and German abstracts
\include{acknowl} % Acknowledgements
\include{glossary} % Glossary
\include{abbreviation} % Abkuerzungen
%\include{keywords} % Keywords
\include{toc} % Table of Contents
%--- Include your chapters here ----------
\setcounter{page}{1} % set page to 1 again to start arabic count
\pagenumbering{arabic}
%\include{chapter0}
\include{chapter1} % Introduction
\include{chapter2} % Background
\include{chapter3} % Konzeption
\include{chapter4} % Technische Umsetzung
\include{chapter5}
\include{chapter6}
%
%% ....
\appendix
\include{appendix} % Appendix A
\end{document}
Espero que ayude! los encabezados y los pies de página son difíciles en algún momento, y en algún momento si cambia \ documentclass también podría parecer diferente. ;)
Para obtener una respuesta más precisa, debe explicar el formato exacto y el comportamiento de la "numeración de página personalizada" que está buscando. – glts
Voy a cerrar esta pregunta como fuera de tema porque trata sobre LaTeX – Flexo