dos posibilidades que se me ocurren, a pesar de que son mencionados en el enlace que hace referencia:
Usted no está especificando el archivo de par de claves SSH correcta o el nombre de usuario en el comando ssh que está utilizando para iniciar sesión en el servidor:
ssh -i [ruta completa al archivo de par de claves] root @ [nombre de host instancia EC2 o dirección IP]
Usted no tiene los permisos correctos en el archivo de par de claves; se debe utilizar
chmod 600 [archivo de par de claves]
para asegurar que sólo se puede leer o escribir el archivo.
Pruebe usar la opción -v con ssh para obtener más información sobre dónde está fallando exactamente, y publique aquí si necesita más ayuda.
[Actualización]: OK, así que esto es lo que debe ha visto si todo se ha configurado correctamente:
debug1: Authentications that can continue: publickey,gssapi-with-mic
debug1: Next authentication method: publickey
debug1: Trying private key: ec2-keypair
debug1: read PEM private key done: type RSA
debug1: Authentication succeeded (publickey).
¿Está ejecutando el comando ssh desde el directorio que contiene el archivo EC2-par de claves? Si es así, intente especificar -i ./ec2-keypair solo para eliminar los problemas de ruta. Compruebe también el archivo "ls -l [ruta completa a ec2-par de claves]" y asegúrese de que los permisos sean 600 (se muestran como rw -------). Si nada de eso funciona, sospecho que el contenido del archivo de pares de teclas, así que intente recrearlo siguiendo los pasos de su enlace.
¡Ayuda! ¿Alguna idea? –