La optimización es lo que hace que las JVM sean viables como entornos para aplicaciones de larga ejecución, puede apostar que SUN, IBM y sus amigos hacen todo lo posible para optimizar su código byte y código compilado JIT de la manera más eficiente posible.
Dicho esto, si crees que puedes preoptizar tu bytecode, probablemente no haga mucho daño.
Sin embargo, vale la pena tener en cuenta que las JVM pueden tender a desempeñarse mejor (y no fallar) cuando se presentan con el tipo de bytecode que el compilador de Java tiende a construir. No es desconocido que las optimizaciones se pierdan o incluso que la JVM se bloquee cuando se produzcan permutaciones de bytecode correctas, pero a diferencia de lo que produciría javac. Afortunadamente, ese tipo de cosas ahora está más en el pasado, pero puede ser algo a tener en cuenta.