Formateo del eje x del histograma al trabajar con fechas usando R

Question

Estoy en el proceso de crear una curva epidémica (histograma del número de casos de una enfermedad por día) usando R, y estoy luchando un poco formateando el eje x .

Soy consciente de que ggplot da muy buenos gráficos y ejes fácilmente manipulables (Understanding dates and plotting a histogram with ggplot2 in R), pero en este caso yo prefiero usar el comando hist(), porque yo estoy describiendo 2 patrones diferentes al mismo tiempo, como a continuación (I Don 't cree que puede hacer algo similar en ggplot):

el problema aquí es que el eje x no comienza en el primer caso, tiene demasiadas marcas de graduación, y me gustaría ser capaz de tener un marcador de fecha sistemática, ej. cada 7 días, o cada 1er. del mes.

Los datos se almacenan en una base de datos (dat.geo) como una fila por cada caso sospechoso, con información sobre la fecha de inicio y la zona residencial (ya sea negro o blanco en histograma), de la siguiente manera:

> head(dat.geo) 
    number age sex  suburb Date_of_Onset 
1  1 12 F   x 2011-10-11 
2  2 28 M   x 2011-10-10 
3  3 15 F   x 2011-10-12 
4  4 12 M   y 2011-10-25 
5  5 10 F   x 2011-10-15 
6  6 9 M   y 2011-10-20 

aquí está mi código:

pdf(file='1.epi.curve.pdf') 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="x")], "days", 
format = "%d %b %y", freq=T, col=rgb(0,0,0,1), axes=T, main="", add=T) 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="y")], "days", 
format = "%d %b %y", freq=T, main="", col=rgb(1,1,1,.6), add=T, axes=F) 
dev.off() 

he intentado suprimir el eje y la adición de un ser manipulado posteriormente utilizando este código

axis(1, labels=T) 
axis(2) 

pero esto es lo que me pasa (y no tengo ni idea de cómo manipular eso):

Su ayuda es muy apreciada!

gracias

Answer 1

Ya que nos desafían con eficacia para proporcionar una solución ggplot, aquí está:

dates <- seq(as.Date("2011-10-01"), length.out=60, by="+1 day") 

set.seed(1) 
dat <- data.frame(
    suburb <- rep(LETTERS[24:26], times=c(100, 200, 300)), 
    Date_of_Onset <- c(
    sample(dates-30, 100, replace=TRUE), 
    sample(dates, 200, replace=TRUE), 
    sample(dates+30, 300, replace=TRUE) 
) 
) 

library(scales) 
library(ggplot2) 
ggplot(dat, aes(x=Date_of_Onset, fill=suburb)) + 
    stat_bin(binwidth=1, position="identity") + 
    scale_x_date(breaks=date_breaks(width="1 month")) 

Nota el uso de position="identity" para obligar a cada barra que se originan en el eje, de lo contrario se obtiene una gráfico apilado por defecto.

Answer 2

Hay 2 soluciones disponibles; 1 usando hist() y el otro usando ggplot():

library(date) 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="x")], "weeks", 
format = "%d %b %y", freq=T, col=rgb(0,0,0,1), axes=F, main="") 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="y")], "weeks", 
format = "%d %b %y", freq=T, main="", col=rgb(1,1,1,.6), add=T, axes=F) 
axis.Date(1, at=seq(as.Date("2011-10-10"), as.Date("2012-03-19"), by="2 weeks"), 
format="%d %b %y") 
axis.Date(1, at=seq(as.Date("2011-10-10"), as.Date("2012-03-19"), by="weeks"), 
labels=F, tcl= -0.5) 

Esta curva epidémica es la siguiente:

una solución utilizando ggplot, sugerida por Andrie anteriormente, es el siguiente:

library(scales) 
library(ggplot2) 
ggplot(dat.geo,aes(x=Date_of_Onset, group=suburb, fill=suburb))+ 
stat_bin(colour="black", binwidth=1, alpha=0.5, 
position="identity") + theme_bw()+ 
xlab("Date of onset of symptoms")+ 
ylab("Number of cases")+ 
scale_x_date(breaks=date_breaks("1 month"), labels=date_format("%b %y")) 

que da una curva epidémica como a continuación: