¿Cómo debo cerrar un archivo hdf5 después de cargar en R?

Question

He instalado con éxito el paquete hdf5 en una máquina Linux. Ahora deseo leer los datos de una gran cantidad de archivos hdf5 en un ciclo y crear una serie temporal. Cada archivo hdf5 corresponde a una hora diferente. Después de leer en muchos archivos (poco más de 1000), R dice que hay demasiados archivos abiertos. Me gustaría encontrar una forma de cerrarlos para que el ciclo pueda continuar. Aquí está el código:

fdate <- "200605312355" # the first date for my test loop 
    fmax <- 1400 
    arr <- vector() 

    for (i in 1:fmax){ 
     fname <- paste(fdate,"_.h5") # path of h5 file 
     fid <- hdf5load(fname) # fid = NULL 
     arr[i] <- somevariable$data_array[lon,lat] 
     # would like to close the file here 
     fdate <- newdate(fdate,60*5) # a function that increments the date by seconds. 
    } 

El paquete contiene el hdf5 hdf5cleanup función, que parece que va a limpiar las cosas, sino que requiere un identificador de archivo. El fid en mi código anterior devuelve NULL. Intenta insertar el nombre del archivo, es decir, hdf5cleanup (fname) lleva a R a abortar. Quizás se supone que hdf5load cierra el archivo y falla. Si ese es el caso, ¿hay alguna forma de cerrar la conexión emitiendo un comando de sistema() o de lo contrario?

Incidentemente, showConnections() no devuelve nada, bueno, literalmente solo los nombres de encabezado "texto de modo de clase de descripción que puede leer puede escribir".

Mi pregunta en resumen: ¿Cómo cierro la conexión a un archivo hdf5 en R después de cargarlo con hdf5load()?

Answer 1

NOTA: De acuerdo con los comentarios, la siguiente respuesta no funcionará. Dejándolo, al menos por ahora, para marcar una ruta infructuosa a seguir.

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no tengo hdf5 instalado, por lo que no puedo comprobar si esto funciona, así que esto es un poco de un tiro en la oscuridad:

fname <- paste(fdate,"_.h5") # path of h5 file 
# fhandle <- open(fname) # Comment pointed out this was not the intended function 
fhandle <- file(description = fname, open = "rb") 
hdf5load(fhandle) # hdf5load returns nothing when load=TRUE (the default) 
arr[i] <- somevariable$data_array[lon,lat] 
close(fhandle) 

La documentación dice que toma hdf5load un nombre de archivo, pero también puede tomar un identificador de archivo. Si es así, esto podría funcionar.