SciPy instalar en su defecto león de montaña

Question

Cuando intento instalar scipy usando pip instalar scipy que se produce el siguiente rastreo

Downloading/unpacking scipy 
    Downloading scipy-0.10.1.tar.gz (6.2MB): 6.2MB downloaded 
    Running setup.py egg_info for package scipy 
    Running from scipy source directory. 
    blas_opt_info: 
     FOUND: 
     extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate'] 
     define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] 
     extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers'] 

    non-existing path in '/private/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/scipy/io': 'docs' 
    lapack_opt_info: 
     FOUND: 
     extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate'] 
     define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] 
     extra_compile_args = ['-msse3'] 

    umfpack_info: 
     libraries umfpack not found in /usr/local/Cellar/python/2.7.3/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib 
     libraries umfpack not found in /usr/local/lib 
     libraries umfpack not found in /usr/lib 
    /usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/system_info.py:470: UserWarning: 
     UMFPACK sparse solver (http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/umfpack/) 
     not found. Directories to search for the libraries can be specified in the 
     numpy/distutils/site.cfg file (section [umfpack]) or by setting 
     the UMFPACK environment variable. 
     warnings.warn(self.notfounderror.__doc__) 
     NOT AVAILABLE 

    Traceback (most recent call last): 
     File "<string>", line 16, in <module> 
     File "/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/setup.py", line 196, in <module> 
     setup_package() 
     File "/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/setup.py", line 187, in setup_package 
     configuration=configuration) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/core.py", line 152, in setup 
     config = configuration() 
     File "/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/setup.py", line 138, in configuration 
     config.add_subpackage('scipy') 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 1002, in add_subpackage 
     caller_level = 2) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 971, in get_subpackage 
     caller_level = caller_level + 1) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 908, in _get_configuration_from_setup_py 
     config = setup_module.configuration(*args) 
     File "scipy/setup.py", line 20, in configuration 
     config.add_subpackage('special') 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 1002, in add_subpackage 
     caller_level = 2) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 971, in get_subpackage 
     caller_level = caller_level + 1) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 908, in _get_configuration_from_setup_py 
     config = setup_module.configuration(*args) 
     File "/private/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/scipy/special/setup.py", line 54, in configuration 
     extra_info=get_info("npymath") 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 2220, in get_info 
     pkg_info = get_pkg_info(pkgname, dirs) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 2172, in get_pkg_info 
     return read_config(pkgname, dirs) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 390, in read_config 
     v = _read_config_imp(pkg_to_filename(pkgname), dirs) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 326, in _read_config_imp 
     meta, vars, sections, reqs = _read_config(filenames) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 309, in _read_config 
     meta, vars, sections, reqs = parse_config(f, dirs) 
     File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 281, in parse_config 
     raise PkgNotFound("Could not find file(s) %s" % str(filenames)) 
    numpy.distutils.npy_pkg_config.PkgNotFound: Could not find file(s) ['/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/lib/npy-pkg-config/npymath.ini'] 

estoy usando león de montaña, y Python 2.7.3 que he instalado usando homebrew, y numpy se instaló usando pip install numpy.

¿Por qué falla la instalación scipy?

Answer 1

Esto parece ser un problema con pip y numpy, que no copia las bibliotecas compiladas en el directorio site-packages.

Se puede instalar con pip en un virtualenv (que trabajó para mí) o instalación de la fuente utilizando el método

python setup.py install 

.

Hay algunos comentarios sobre cuestión aquí:

http://www.thisisthegreenroom.com/2011/installing-python-numpy-scipy-matplotlib-and-ipython-on-lion/

Answer 2

si utiliza homebrew, puede probar los siguientes (gracias a https://github.com/pypa/pip/issues/707):

brew tap samueljohn/homebrew-python 
brew install numpy 
brew install scipy 

Answer 3

Si no se utiliza virtualenv, entonces la corrección menos intrusiva se puede editar manualmente /usr/local/lib/python2.7/site-packages/pip-1.2.1-py2.7.egg/pip/locations.py (La versión de su pip puede variar). Basta con sustituir la línea 35 a partir de:

build_prefix = os.path.join(tempfile.gettempdir(), 'pip-build') 

a:

build_prefix = os.path.realpath(os.path.join(tempfile.gettempdir(), 'pip-build')) 

Después de este cambio, es necesario volver a instalar numpy (pip uninstall numpy; pip install numpy). El scipy puede instalarse por pip correctamente.

El problema se debe a un error de pip. Y la solución anterior está de acuerdo con the pip patch (sugerido en the issue discussion mencionado por Lokkju) del usuario de github qwcode. Este parche parece haberse fusionado con el repositorio pip principal. Sin embargo, no veo una manera fácil de generar pip de actualización ya que está incluido con Python. Así que solo hacer manualmente esta simple solución me funciona.

Answer 4

Tuve el mismo problema en 2015 con MacOSX Yosemite. Creo que fue causado por el error de versión anterior de pip. Desinstalar pip y obtener la versión más nueva de esto ayuda. Obtener pepita de https://pip.pypa.io/en/latest/installing.html y luego

$ sudo pip uninstall scipy 
$ sudo pip install scipy