Sospecho que lo que realmente quiere hacer es aplicar un "código" cleanup "a TODOS los archivos fuente de Java, no solo los que seleccionó manualmente.
Así es como:
1) En la vista de envases (o la vista Explorador de paquetes) cambian su "paquete de presentación" de "jerárquica" a "plana". Hay un pequeño triángulo invertido en la esquina superior derecha de cada vista que le permite cambiar esta configuración.
2) Ahora cuando navegue a su directorio de código fuente, debería ver TODOS los paquetes, subpaquetes y subpaquetes que contienen sus archivos fuente java, todos presentados juntos en una lista (posiblemente enorme).
3) Por supuesto, cuando tiene una enorme lista como esta, puede seleccionar fácilmente todos los paquetes (haga clic con el botón izquierdo en el primero y luego haga clic con el botón izquierdo en el último).
4) Luego, haga clic derecho en la selección, y vaya a "Fuente-> Limpiar ..." (o cualquier otro elemento del submenú "Fuente", como "Organizar Importaciones") y aparecerá el cuadro de diálogo emergente le dirá cuántos archivos fuente está a punto de cambiar.
Espero que ayude!
De forma similar, ¿hay anotaciones que pueda usar en métodos/bloques para detener realmente Eclipse al autoordenarlas cuando se selecciona esa opción? – JeeBee
@JeeBee: No es que yo sepa. Sería genial tener una opción estándar de "no formatear" para los momentos en los que específicamente desea hacer algo elegante con las tabulaciones. – Uri