2012-07-03 50 views
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Me gustaría usar los paquetes R RCDCDF y ncdf en Ubuntu.cómo instalar los paquetes R "RNetCDF" y "ncdf" en Ubuntu?

Cuando intento install.packages('RNetCDF') o , tengo errores similares:

... 
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory 
compilation terminated. 
make: *** [ncdf.o] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’ 
... 
Warning message: 
In install.packages("ncdf") : 
    installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status 

Los paquetes libnetcdf6 y netcdf-bin desde el repositorio de Ubuntu están instalados. ¿Tengo que hacer algo más?

+3

necesita instalar '-dev' de esos paquetes para obtener los encabezados necesarios para compilar el paquete. – Justin

+1

@Justin gracias. el único paquete adicional requerido para 'ncdf' era' libnetcdf-dev' – Abe

+1

para 'RNetCDF',' udunits-bin' y 'libudunits2-dev' también se requieren – Abe

Respuesta

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Necesita instalar el -dev de esos paquetes para obtener los encabezados que se requieren para compilar el paquete. En este caso, necesita libnetcdf-dev, udunits-bin y libudunits2-dev

+0

Para instalar el paquete ncdf4 (la actualización del paquete ncdf), También necesitaba ejecutar 'sudo apt-get install netcdf-bin' – avianattackarmada

6

En mi caso, se necesitaba el paquete libudunits2-dev.

sudo apt-get install libudunits2-dev

Desde que he instalado NetCDF de la fuente, que tuvieron que especificar manualmente las ubicaciones de lib y incluyen carpetas

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL, 
type="source", 
dependencies=FALSE, 
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib") 
0

Solo para aclarar, ya que su emisión inicial está en R , y la solución se aplica fuera de R. Inicialmente estaba tratando de hacer

install.packages ("libnetcdf-dev"), que no funcionó.

lugar, desde fuera de R: sudo apt-get install libnetcdf-dev

que fija para mí.

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