Ampliando las respuestas dadas arriba de mí; flash también se usa para habilitar sonidos dentro de una página web. Nunca recibí un correo electrónico mientras estaba en la página de Gmail (al menos con mi sonido), pero me imagino que crea un sonido para notificarle que acaba de recibir un correo electrónico. Facebook también hace esto (o está acostumbrado, creo) a reproducir un sonido cuando recibes un nuevo mensaje en el chat.
El ejemplo más obvio de esto fue el famoso Google Pacman que usó flash para crear los efectos de sonido, creo.
Así que imagino que una de las razones es para los sonidos. Como otros ya han mencionado, también es bueno utilizarlo para subir archivos, ya que es una forma fácil y más universal de permitir cargas de archivos que devuelven el progreso, y se puede interactuar desde JavaScript.
Pregunta extraña para SO. Probablemente para las cargas de archivos – JeremyWeir
Sé que lo usan para reproducir sonidos de notificación en el chat (o al menos solían hacerlo, podrían tratar de usar HTML5 'audio' ahora), pero es probable que también tengan otras cosas para las que lo usan. – icktoofay